Expression of 97 surface markers and 462 mRNAs in 31586 cells from 15 leukemic human bone marrow

Seurat v3 object ASSAYS: AB: Antibody expression data RNA: mRNA expression data integrated: Antibody and mRNA expression matrices were concatenated and data was integrated across patients using scanorama DIMENSIONALITY REDUCTION MOFA: Multi-OMICS factor analysis to integrate AB and RNA data. MOFA was run on scanorama-integrated data and served as input for clustering and further dimensionality reduction. MOFAUMAP: UMAP performed on MOFA dimensions. Projected: Cell projected into the MOFAUMAP space of a healthy dataset. Display used in the manuscript. METADATA ct: Cell type Batch: Source individual (AML1-3, AML Q1-Q6, APL Q1-Q6) Patient Identifier age gender Genotype AML Q1 AML116 71 f FLT3-ITD,NPM1-mut AML Q2 AML327 62 f FLT3-wt,NPM1-mut AML Q3 AML127 56 f FLT3-wt,NPM1-mut AML Q4 AML314 51 m FLT3-ITD,NPM1-mut AML Q5 AML334 78 m FLT3-wt,NPM1-mut AML Q6 AML183 61 m FLT3-wt,NPM1-mut AML1 AML1 44 f FLT3-ITD,NPM1-mut AML2 Q59 61 f FLT3-wt,NPM1-mut AML3 AML3 55 m FLT3-ITD,NPM1-mut APL Q1 APL224 70 f APL APL Q2 APL223 54 f APL APL Q3 APL142 66 m APL APL Q4 APL147 45 m APL APL Q5 APL124 32 m APL APL Q6 APL218 46 f APL Changelog v2: Objects were slimmed to correspond to the information described in our study. Data now only contains relevant dimensions reductions and metadata columns; unused RNA and antibody targets were excluded from the objects.

Seurat v3 对象的测定项：
AB：抗体表达数据
RNA：mRNA表达数据
整合模块：将抗体与mRNA表达矩阵进行拼接，并通过scanorama工具实现跨患者的数据整合。

降维分析：
MOFA：多组学因子分析（Multi-OMICS Factor Analysis），用于整合AB与RNA表达数据。将MOFA应用于scanorama整合后的数据集，作为聚类及后续降维分析的输入。
MOFAUMAP：基于MOFA降维维度执行的UMAP分析。
投影模块：将细胞投影至健康数据集的MOFAUMAP空间中，为本研究手稿所采用的可视化方案。

元数据：
ct：细胞类型
Batch：来源个体（涵盖AML1-3、AML Q1-Q6、APL Q1-Q6组别）
Patient Identifier：患者标识符
age：年龄
gender：性别
Genotype：基因型

样本信息：
AML Q1：患者标识符AML116，年龄71岁，女性，基因型为FLT3-ITD、NPM1突变
AML Q2：患者标识符AML327，年龄62岁，女性，基因型为FLT3野生型、NPM1突变
AML Q3：患者标识符AML127，年龄56岁，女性，基因型为FLT3野生型、NPM1突变
AML Q4：患者标识符AML314，年龄51岁，男性，基因型为FLT3-ITD、NPM1突变
AML Q5：患者标识符AML334，年龄78岁，男性，基因型为FLT3野生型、NPM1突变
AML Q6：患者标识符AML183，年龄61岁，男性，基因型为FLT3野生型、NPM1突变
AML1：患者标识符AML1，年龄44岁，女性，基因型为FLT3-ITD、NPM1突变
AML2：患者标识符Q59，年龄61岁，女性，基因型为FLT3野生型、NPM1突变
AML3：患者标识符AML3，年龄55岁，男性，基因型为FLT3-ITD、NPM1突变
APL Q1：患者标识符APL224，年龄70岁，女性，基因型为APL
APL Q2：患者标识符APL223，年龄54岁，女性，基因型为APL
APL Q3：患者标识符APL142，年龄66岁，男性，基因型为APL
APL Q4：患者标识符APL147，年龄45岁，男性，基因型为APL
APL Q5：患者标识符APL124，年龄32岁，男性，基因型为APL
APL Q6：患者标识符APL218，年龄46岁，女性，基因型为APL

版本更新v2：已对Seurat对象进行精简，使其匹配本研究中描述的信息内容。当前数据仅保留相关的降维结果与元数据列；已从对象中移除未使用的RNA及抗体靶标数据。