Evidence of Real-time RNA Repair Mechanism: Bidirectional ADAR/APOBEC-mediated base mutations and synonymous transitions in Measles virus genome

== Version 4 (2026-04-02): ◆Description1) I created an image illustrating the contrast between the random mutations of RNA in nature and the regular RNA repair observed in living organisms. This can be confirmed using the gene for the measles vaccine, Moraten. 2) The key to RNA repair lies in codon redundancyThis research shows RNA repair and the essence of the function of codons. This overturns the conventional theory that redundancy of codon is for energy efficiency (cost), and represents a discovery that it is redundancy for data protection and self-repair. ◆About Figures1) Figure: RNA_Repear_Image.pngMoraten Vaccine N-section geneImage of RNA repair in life Left figure: Random RNA mutations occurring in nature. Right figure: Clear regularity is present. The blue line represents the regular RNA repair inherent in living organisms. The red lines represent regular mutations produced in the factory. The red lines represent mutations that characterize the vaccine. ◆Heat mapping visualization is a visualization of data strength using color. The left figure shows random noise based on a normal distribution (mean 0, standard deviation 0.5). ◆The vertical axis of the figure represents the amino acid sequence number, and the horizontal axis represents three codons (amino acids) centered around the mutation location shown in base representation. This is the N region of the Moraten vaccine. ◆The amino acid numbers on the red line are Common-A (13 locations) common to 9 types of vaccines, and Common-B (2 locations) common to Moraten and Schwartz. 2) Figure: allvacs18_N_En.pngThis is a comparison of the N-region genes of wild measles virus and nine (actually ten) vaccines. Common-A shows the mutations and AA positions common to all nine vaccines. There are 13 locations.The probability of Common-A exhibiting regularity can be estimated from the amino acid mutation probability. The probability of occurrence at 13 locations is 1/(20^13). This is an extremely low probability of occurrence that cannot be explained by randomness. It shows a factory product, a vaccine. Common-B shows the mutations and AA positions of Moraten vaccine and Schwarz vaccine. There are 2 locations. Common-C shows the mutations and AA positions of other vaccines without Moraten and Schwarz. There are 8 locations. In the comparison of wild measles virus and the nine vaccine genes, there are no other mutations. This is all of the N-region mutations. 3) Figure: allvacs18_H_En.pngThis is a comparison of the H-region genes of wild measles virus and nine (actually ten) vaccines. Common-A shows the mutations and AA positions common to all nine vaccines. There are 15 locations. The probability of occurrence at 15 locations is 1/(20^15). Common-B shows the mutations and AA positions of Moraten vaccine and Schwarz vaccine. There are 2 locations. Common-C shows the mutations and AA positions of other vaccines without Moraten and Schwarz. There are 14 locations. In the comparison of wild measles virus and the nine vaccine genes, there are no other mutations. This is all of the H-region mutations. License: CC BY-ND 4.0 (Images) == Version 3 (2026-03-31): New evidence of the RNA repair mechanism with quantified error-correction rates.This dataset provides evidence of bidirectional base mutations mediated by ADAR and APOBEC, challenging the conventional view of unidirectional editing. Intriguingly, the raw data reveal that APOBEC-mediated mutations predominantly result in synonymous changes, rather than protein truncation via premature stop codons.Version 2:** The two added image files (N-region and H-region) are screenshots of the provided Excel dataset for visual confirmation.License: CC BY 4.0 (Data) and CC BY-ND 4.0 (Images) ◆Japanese summary below V4 Description1)自然界のRNAのランダムな変異と、生命が持つ規則性のあるRNA修復が理解できるイメージ図を作りました。麻疹のモラテンワクチンで確認できます。 2)RNA修復の肝はコドンの冗長性コドンの本質的な機能を明らかにした。それはRNA修復機能に関わるところである。コドンの機能が従来のエネルギー効率(コスト)のための冗長性という定説を覆し、「データ防衛・自己修復の冗長性であるという発見です。 ★図の説明1)Figure: RNA_Repear_Image.png 生命のRNA修復のイメージ図 左図:自然界で発生するRNAのランダムな変異。右図:明らかな規則性があります。青線は、生命が持つ規則的なRNA修復です。赤線は工場で作られた規則性のある変位です。赤線はワクチンを特徴付ける変異です。 ◆ヒートマップ化とはデータの強弱を色で視覚化したものです。左図は正規分布に基づいたランダムノイズ(平均0、標準偏差0.5)を示しています。 ◆図の縦軸はアミノ酸列番号、横軸は塩基表現で示す変異箇所を中心にした3個のコドン(アミノ酸)です。モラテンワクチンのN部です。 ◆青線はRNA修復です。28カ所あります。45-17=28 ◆赤線のアミノ酸番号は、9種類のワクチンに共通するCommon-A(13ヶ所)です。アミノ酸列番号の137と471では2づつの塩基変異があります。ダブルでカウントされています。モラテンとシュワルツに共通するのは、Common-B(2ヶ所)です。 Common-AとCommon-Bを足すと合計は15箇所です。ダブルカウントを含めると17になります。 2) Figure: allvacs18_N_En.png野性の麻疹ウイルスと9種類のワクチン(正確には10種類)のN部の遺伝子比較です。Commona-Aは9種類のワクチンの全てで共通に現れる変異です。13箇所です。13箇所に変異が現れる発生確率は、1個当たりのアミノ酸の変位確率から概算できます。 その発生確率は1/(20^13) です。ランダムでは説明できない極めて少ない発生確率です。規格化された工場製品であるワクチンを示します。Commona-BはMoratenとSchmarzに現れる変異を示しています。2ヵ所です。Commona-BはMoratenとSchmarz以外のワクチンの変異です。8か所です。 野性の麻疹ウイルスと9種類のワクチン遺伝子の比較ではこれ以外の変異はありません。これがN部の変異の全てです。 3) Figure: allvacs18_H_En.png上記2)と基本的に同じです。H部の遺伝子比較です。Commona-Aは9種類のワクチンの全てで共通に現れる変異です。15箇所です。15箇所に変異が現れる発生確率は1/(20^15) です。Commona-BはMoratenとSchmarzに現れる変異を示しています。2ヵ所です。Commona-CはMoratenとSchmarz以外のワクチンの変異です。14か所です。野性の麻疹ウイルスと9種類のワクチン遺伝子の比較ではこれ以外の変異はありません。これがH部の変異の全てです。 == Version 3: (2026-03-31): エラー訂正率を定量化したRNA修復機構の新たな証拠本データセットは、ADARおよびAPOBECが媒介する双方向の塩基変異の証拠を示し、従来の一方向的な編集という定説を覆すものです。 特筆すべきは、APOBECによる変異の大部分が、終止コドン形成によるタンパク質切断ではなく、アミノ酸配列を変えない**同義置換(サイレント変異)**に留まっているという事実です。== Version 2:追加された2枚の画像ファイルは今回公開されたエクセルデータの画面コピーです。 N部とH部の2枚です。== 版本4（2026-04-02）： ◆ 描述 1) 本研究绘制了一幅图像，用以直观展现自然界中RNA的随机突变与活体内观测到的规律性RNA修复之间的鲜明对比。该结论可通过麻疹疫苗莫拉滕（Moraten）的基因得到验证。 2) RNA修复的核心在于密码子（codon）冗余性。本研究阐明了RNA修复与密码子功能的本质，推翻了"密码子冗余性旨在提升能量效率（降低成本）"的传统理论，证实密码子冗余性实则用于数据保护与自我修复，这是一项突破性发现。 ◆ 关于图表 1) 配图：RNA_Repear_Image.png —— 生命体内RNA修复示意图 左图：自然界中发生的随机RNA突变。右图：呈现出清晰的规律性。其中蓝色线条代表活体内固有的规律性RNA修复过程，红色线条代表工业化生产中产生的规律性突变——这些突变正是该疫苗的特征性突变。 ◆ 热图可视化是通过色彩对数据强度进行可视化呈现的技术。左图展示了基于正态分布（均值为0，标准差为0.5）生成的随机噪声。 ◆ 该图表的纵轴代表氨基酸序列编号，横轴则以突变位点为中心，对应3个密码子（氨基酸），对应序列为莫拉滕疫苗的N区域。 ◆ 红线标注的氨基酸位点包括：9种疫苗共有的Common-A（共13处），以及莫拉滕疫苗与施瓦茨（Schwartz）疫苗共有的Common-B（共2处）。 2) 配图：allvacs18_N_En.png 本图对野生型麻疹病毒与9种（实际为10种）疫苗的N区域基因进行了比对。 Common-A指9种疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计13处。根据氨基酸突变概率可估算其出现概率为1/(20^13)，这一概率极低，无法用随机事件解释，证明其为标准化工业化产物——疫苗。 Common-B指莫拉滕疫苗与施瓦茨疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计2处。Common-C指除莫拉滕与施瓦茨疫苗外其余疫苗的突变与氨基酸位点，共计8处。 在野生型麻疹病毒与9种疫苗的基因比对中，未发现其他突变，上述即为N区域所有的突变位点。 3) 配图：allvacs18_H_En.png 本图对野生型麻疹病毒与9种（实际为10种）疫苗的H区域基因进行了比对。 Common-A指9种疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计15处。其出现概率为1/(20^15)。 Common-B指莫拉滕疫苗与施瓦茨疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计2处。Common-C指除莫拉滕与施瓦茨疫苗外其余疫苗的突变与氨基酸位点，共计14处。 在野生型麻疹病毒与9种疫苗的基因比对中，未发现其他突变，上述即为H区域所有的突变位点。 版权声明：图像采用CC BY-ND 4.0许可协议。 == 版本3（2026-03-31）： 本数据集提供了经量化误差校正率的RNA修复机制新证据。本数据集揭示了由ADAR与APOBEC介导的双向碱基突变，推翻了传统认为的单向编辑的定论。 值得注意的是，原始数据显示APOBEC介导的突变大多为同义突变，而非通过提前引入终止密码子导致的蛋白质截短。 ### 附日文摘要翻译： V4 描述 1) 本研究制作了一幅图像，可帮助理解自然界中RNA的随机突变与生命体固有的规律性RNA修复之间的差异，可通过麻疹莫拉滕疫苗进行验证。 2) RNA修复的关键在于密码子冗余性，本研究阐明了RNA修复与密码子功能的本质，推翻了"密码子冗余性旨在提升能量效率（降低成本）"的传统观点，证实其冗余性实则用于数据保护与自我修复，这是一项全新发现。 ★ 图表说明 1) 配图：RNA_Repear_Image.png —— 生命体内RNA修复示意图 左图：自然界中发生的随机RNA突变。右图：呈现出清晰的规律性。蓝色线条代表活体内固有的规律性RNA修复，红色线条代表实验室制备过程中产生的规律性突变——这些突变正是疫苗的特征性突变。 ◆ 热图可视化是通过色彩对数据强度进行可视化的技术，左图展示了基于正态分布（均值0，标准差0.5）生成的随机噪声。 ◆ 该图表纵轴为氨基酸序列编号，横轴以突变位点为中心，对应3个密码子（氨基酸），对应序列为莫拉滕疫苗的N区域。 ◆ 蓝色线条代表RNA修复位点，共计28处（45-17=28）。 ◆ 红线标注的氨基酸位点：9种疫苗共有的Common-A（13处），其中氨基酸序列编号137与471处存在2处碱基突变，存在重复计数；莫拉滕与施瓦茨疫苗共有的Common-B（2处）。Common-A与Common-B合计共15处，若包含重复计数则为17处。 2) 配图：allvacs18_N_En.png 本图对野生型麻疹病毒与9种（实际为10种）疫苗的N区域基因进行比对。Common-A为9种疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计13处。根据氨基酸突变概率可估算其出现概率为1/(20^13)，该概率极低，无法用随机性解释，证明其为标准化工业化产物——疫苗。Common-B为莫拉滕与施瓦茨疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计2处；Common-C为除莫拉滕与施瓦茨疫苗外其余疫苗的突变位点，共计8处。 在野生型麻疹病毒与9种疫苗的基因比对中，未发现其他突变，上述即为N区域所有的突变位点。 3) 配图：allvacs18_H_En.png 本图与上述2)基本一致，为H区域的基因比对图。Common-A为9种疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计15处，出现概率为1/(20^15)。Common-B为莫拉滕与施瓦茨疫苗共有的突变与氨基酸位点，共计2处；Common-C为除莫拉滕与施瓦茨疫苗外其余疫苗的突变位点，共计14处。 在野生型麻疹病毒与9种疫苗的基因比对中，未发现其他突变，上述即为H区域所有的突变位点。 == 版本3（2026-03-31）： 本数据集提供了经量化误差校正率的RNA修复机制新证据，揭示了ADAR与APOBEC介导的双向碱基突变，推翻了传统认为的单向编辑的定论。 值得注意的是，APOBEC介导的突变大多为同义突变，而非通过提前引入终止密码子导致的蛋白质截短。 == 版本2： 新增2幅图像文件（N区域与H区域），为本次公开的Excel数据集的屏幕截图，用于直观验证数据。 版权声明：数据采用CC BY 4.0许可协议，图像采用CC BY-ND 4.0许可协议。