NAMD Trajectory of a Palmitoyl Sphingomyelin Bilayer

All-atom PSM bilayer simulated in NPT ensemble with NAMD and the CHARMM36 force field from Doktorova et al. 2020 J. Phys. Chem. B. article (DOI 10.1021/acs.jpcb.0c03389). The trajectory represents the last 117 ns used for analysis where the area per lipid is equilibrated (the file has 5874 frames output every 20 ps). The bilayer has 200 lipids total (100 lipids per leaflet) and is hydrated with 45 waters/lipid. The simulation was done at 55C (328.15K) and the trajectory is centered on the bilayer midplane.

本数据集为基于Doktorova等人2020年发表于《美国化学会物理化学B辑》（DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c03389）的研究工作，使用NAMD（Nanoscale Molecular Dynamics）与CHARMM36力场（CHARMM36 force field），在NPT系综（NPT ensemble）下模拟得到的全原子PSM脂双层膜体系。该分子动力学轨迹选取了用于分析的最后117 ns片段，此时单位脂质面积已达到平衡状态（轨迹文件共包含5874帧，每20 ps输出一帧）。该脂双层总计包含200个脂质分子，每个脂双层小叶层含100个脂质，并以每脂质分子对应45个水分子的比例进行水合处理。模拟温度设置为55 ℃（328.15 K），且轨迹以脂双层的中平面为中心对齐。