Bryde's whale calls from the Panama Basin, recorded during the JC114 cruise

Bryde's whale calls observed using JC114 OBS deployment in the Panama basin (Jan.-Feb. 2015)

In file "matfiles.zip" are individual Matlab files for each whale call that was detected, picked and located in Tary et al., 2024.

Each file include:

- dath: cell array of time series of all OBSs working at the moment the call was recorded

- hdr: header corresponding to the data in dath, including the sampling rate (st) for each instrument, the data starting time (tbeg) for each instrument, the list of instrument names (sta, NG: OBSs from North Grid, VA: Vertical Array of hydrophones in North Grid), the list of instruments with P-wave picks (stap), times of P-wave picks (ppicks), weights for each P-wave pick (weightsp), and picking uncertainties for each P-wave pick (punc).

The Matlab function: seeVAevents.m, can be used to visualise the Matlab files with whale calls.

Additional files:

- NonLinLoc_locations.txt: whale call locations obtained using NonLinLoc (see Tary et al., 2024). Columns are as follows: YYMMDD / HHMM / SS.SS / Latitude (DMS) / Longitude (DMS) / Depth (km) / RMS (s) / Horizontal error (km) / Vertical error (km) 

- hypoDD_relocations.txt: whale call locations obtained using NonLinLoc followed by hypoDD (see Tary et al., 2024). Columns are as follows: Event ID / latitude / longitude / depth (km) / YYYY / MM / DD / HH / MM / SS.SSS

- instrument_positions: positions of the OBSs and the hydrophones of the vertical array. Columns are as follows: instrument names / latitude / longitude / depth below sea surface (km)

- whale_call_labels.xlsx: Matlab file names corresponding to whale track numbers described in Tary et al., 2025. Whale track number 0 corresponds to no labels assigned.

- jc114_whale_calls: xml files including meta-data for the submitted dataset (in the style of ezEML files from edirepository.org)

For further details:

Hobbs, R., and Peirce, C. (2015). RRS James Cook JC114 Cruise Report. Online Report. https://www.bodc.ac.uk/resources/inventories/cruise_inventory/reports/jc114.pdf.

Tary, J. B., Peirce, C., Hobbs, R. W., Bonilla Walker, F, De La Hoz, C., Bird, A., and Vargas, C. A. (2024). “Application of a seismic network to baleen whale call detection and localization in the Panama basin – a Bryde’s whale example”, Journal of the Acoustical Society of America, 155(3), 2075-2086.

Tary, J. B., Peirce, C., and Hobbs, R. W. (2025). "Classification of Bryde’s whale individuals using high-resolution time-frequency transforms and support vector machines", Journal of the Acoustical Society of America.

本数据集为2015年1-2月在巴拿马盆地通过JC114海底地震仪（Ocean Bottom Seismometer, OBS）部署观测到的布氏鲸（Bryde's whale）鸣叫声。

压缩包`matfiles.zip`中包含了Tary等人2024年研究中检测、拾取并定位的每一例鲸类鸣叫声对应的独立Matlab数据文件。每个文件包含以下内容：
- `dath`：记录该鸣叫声时刻所有正常工作的海底地震仪的时间序列元胞数组
- `hdr`：对应`dath`中数据的头文件信息，包含各仪器的采样率（`st`）、各仪器的数据起始时间（`tbeg`）、仪器名称列表（`sta`，其中`NG`指代北网格海底地震仪，`VA`指代北网格水听器垂直阵列）、拾取到P波的仪器列表（`stap`）、P波拾取时刻（`ppicks`）、各P波拾取的权重（`weightsp`）以及各P波拾取的拾取不确定性（`punc`）。

可使用Matlab函数`seeVAevents.m`可视化该鲸类鸣叫声的Matlab数据文件。

附加文件说明如下：
- `NonLinLoc_locations.txt`：通过NonLinLoc软件获取的鲸类鸣叫声定位结果（详见Tary等人2024年研究）。文件列信息依次为：YYMMDD / HHMM / SS.SS / 纬度（度分秒格式，Degree-Minute-Second, DMS） / 经度（度分秒格式，DMS） / 深度（千米） / 均方根误差（Root Mean Square, RMS，单位：秒） / 水平定位误差（千米） / 垂直定位误差（千米）
- `hypoDD_relocations.txt`：通过NonLinLoc结合hypoDD软件获取的鲸类鸣叫声重定位结果（详见Tary等人2024年研究）。文件列信息依次为：事件ID / 纬度 / 经度 / 深度（千米） / 年份（YYYY） / 月份（MM） / 日期（DD） / 小时（HH） / 分钟（MM） / 秒（SS.SSS）
- `instrument_positions`：海底地震仪与垂直阵列水听器的位置信息。文件列信息依次为：仪器名称 / 纬度 / 经度 / 海表面以下深度（千米）
- `whale_call_labels.xlsx`：对应Tary等人2025年研究中描述的鲸类追踪编号的Matlab文件名。鲸类追踪编号0代表未分配标签
- `jc114_whale_calls`：包含提交数据集元数据的XML文件（格式遵循edirepository.org的ezEML文件规范）

如需进一步参考资料：
1. Hobbs, R. 与 Peirce, C. (2015). 《RRS詹姆斯·库克号JC114航次报告》，在线报告，https://www.bodc.ac.uk/resources/inventories/cruise_inventory/reports/jc114.pdf
2. Tary, J. B., Peirce, C., Hobbs, R. W., Bonilla Walker, F, De La Hoz, C., Bird, A., 与 Vargas, C. A. (2024). 《地震网络在巴拿马盆地须鲸鸣叫声检测与定位中的应用——以布氏鲸为例》，《美国声学学会杂志》，155(3), 2075-2086
3. Tary, J. B., Peirce, C., 与 Hobbs, R. W. (2025). 《基于高分辨率时频变换与支持向量机的布氏鲸个体分类》，《美国声学学会杂志》