Additional file 1: of Parallel loss of introns in the ABCB1 gene in angiosperms

Table S1. ABCB1 and ABCB19 sequences analyzed and their source. Table S2. Presence/absence polymorphism of introns in ABCB19 in sequenced angiosperms. Table S3. Presence/absence polymorphisms of introns in ABCB genes in Arabidopsis and rice, and of ABCB1 and ABCB19 in Amborella trichopoda. Table S4. Location in intron 7 of motif GTAACATG and number of mismatches present in the motif in 81 angiosperms. Table S5. Location in intron 7 of motif TTTKGTCARSAA and number of mismatches present in the motif in 81 angiosperms. Table S6. Two top motifs identified by MEME in ABCB1 intron 7 and top motif identified in 1080 bp of sequence upstream of randomly selected genes across six monocots and four dicots, and their corresponding e-value. The analysis was repeated 100 times. Table S7. Two top motif identified by MEME in ABCB1 intron 7 and top motif identified in 1080 bp of sequence downstream of a random starting point in randomly selected genes across six monocots and four dicots, and their corresponding e-value. The analysis was repeated 100 times. Table S8. Size of introns of ABCB1 across monocots. Table S9. Size of introns of ABCB19 across monocots. (XLSX 112 kb)

表S1：本研究分析的ABCB1与ABCB19序列及其来源。
表S2：已测序被子植物中ABCB19基因内含子的有无多态性。
表S3：拟南芥与水稻ABCB基因家族、以及无油樟（Amborella trichopoda）中ABCB1与ABCB19基因内含子的有无多态性。
表S4：81种被子植物中基序GTAACATG在第7内含子中的位置，以及该基序的错配碱基数目。
表S5：81种被子植物中基序TTTKGTCARSAA在第7内含子中的位置，以及该基序的错配碱基数目。
表S6：基于MEME在6种单子叶植物与4种双子叶植物的随机选取基因上游1080 bp序列中鉴定得到的顶级基序，以及ABCB1第7内含子中鉴定得到的两个顶级基序，及其对应的期望值（e-value）；该分析重复执行100次。
表S7：基于MEME在6种单子叶植物与4种双子叶植物的随机选取基因的随机起始位点下游1080 bp序列中鉴定得到的顶级基序，以及ABCB1第7内含子中鉴定得到的两个顶级基序，及其对应的期望值（e-value）；该分析重复执行100次。
表S8：单子叶植物中ABCB1基因内含子的长度。
表S9：单子叶植物中ABCB19基因内含子的长度。(XLSX 112 kb)