Genome-wide methyl-cytosine competition by DNMT and TET

We define distinct methylated elements that recruit both DNMT3A/B and TETs. We also show the genome-wide activity of DNMTs and TETs. We performed WGBS for a series of HUES64 and HUES8 human embryonic stem cells: wildtype (WT), DNMT3A and DNMT3B double knockout (DKO), TET triple knockout (TKO), TKO plus DNMT3B knockout (QKO) and QKO plus DNMT3A knockout (PKO). We also performed bulk RNA sequencing.

我们定义了可同时招募DNA甲基转移酶3A/3B（DNMT3A/B）与TET双加氧酶家族（TETs）的特异性甲基化元件。此外，我们还阐明了DNMT家族与TET家族在全基因组范围内的活性特征。针对一系列HUES64与HUES8人类胚胎干细胞系，我们开展了全基因组亚硫酸氢盐测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS），所涉及的细胞系包括野生型（WT）、DNMT3A与DNMT3B双敲除（DKO）细胞、TET三敲除（TKO）细胞、TKO联合DNMT3B敲除（QKO）细胞，以及QKO联合DNMT3A敲除（PKO）细胞。同时，我们还完成了批量RNA测序实验。