Transcriptome assembly of Angelica decursiva

Transcriptome assembly of <em>Angelica decursiva</em> using the raw data in NCBI (PRJNA360870). We using Trimmomatic v0.39 to filter the raw sequences (LEADING:20, TRAILING:20, SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50). And then, using RiboDetector v0.2.4 to remove rRNA sequences. After that, we<em> de novo</em> assembly the sequences using Trinity v2.13.2 software with k-mer 31, min_kmer_cov 2.

本研究基于美国国家生物技术信息中心（NCBI）存档的PRJNA360870项目原始数据，开展紫花前胡（Angelica decursiva）的转录组组装。使用Trimmomatic v0.39对原始序列进行质量过滤，过滤参数设置为：左端剪切质量阈值20、右端剪切质量阈值20、滑动窗口过滤（窗口大小4、平均质量阈值20）、最小保留序列长度50。随后使用RiboDetector v0.2.4去除核糖体RNA（rRNA）序列。之后采用Trinity v2.13.2软件进行从头（de novo）转录组组装，设置k-mer值为31，最小k-mer覆盖度为2。