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Organoid tiny dataset for stitching (tiled, ome-zarr)

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Zenodo2024-07-22 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

Ome-zarr dataset that is the output of raw tifs (doi 10.5281/zenodo.12794818) processed by Fractal task (see .json file). Dataset acquired on Yokogawa CV8000 on 2023.11.29 by Nicole Repina, Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research Dataset contains 3 x 4 (12) tiled fields of view (each 1000 x 1000 pix) acquired with 50 pix overlap. Partial tile (gridded) acquisition. 60x water objective, 2x2 binning, zyx spacing (10, 0.21667, 0.21667) um per pixel. Each field of view has 5 z-slices. Mouse small intestinal organoids immunostained with the following dyes (2 fluorescence channels): Channel 1 (C01, 405nm) = DAPI nuclear stainChannel 3 (C03, 568nm) = B-catenin membrane stain

本Ome-zarr数据集为原始TIFF图像经Fractal任务(详见配套.json文件)处理后的输出产物,原始TIFF数据集的DOI为10.5281/zenodo.12794818。 本数据集由瑞士生物医学研究弗里德里希·米舍尔研究所的Nicole Repina于2023年11月29日在Yokogawa CV8000共聚焦显微镜上完成采集。 数据集包含3×4(共计12个)拼接视场,每个视场的分辨率为1000×1000像素,采集时相邻视场间存在50像素的重叠区域,采用部分拼接(网格化)采集模式。 成像采用60倍水浸物镜,2×2像素合并模式,各轴像素间距为ZYX方向:10、0.21667、0.21667 微米,每个视场包含5层Z轴切片。 实验样本为小鼠小肠类器官,经以下染料进行免疫荧光染色(包含2个荧光通道): 通道1(C01,激发波长405nm):DAPI细胞核染色;通道3(C03,激发波长568nm):β-连环蛋白(B-catenin)细胞膜染色。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2024-07-22
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