Convergent evolution of NFP-facilitated root nodule symbiosis

# NFP

Scripts and data associated with the manuscript "Convergent evolution of NFP-facilitated root nodule symbiosis."

## 00_sequencesThis directory contains NFP/LYR homologs and annotations.

## 02_alignmentsThis directory contains NFP alignments

## 03_treesThis directory contains gene trees and species tree guides for the analyses.

## 04_reconciliationThis directory contains notung files and figures for the gene tree reconciliation analysis

## 05_syntenyThis directory contains files for the synteny analyses. The base directory contains circos plots and a subdirectory `Synteny.2.2020` containing scripts and summary output as well as the following:### Results_Apr01.zipSummary of synteny results### csvs.zipAn archive containing all csvs in the analysis.### fastas.zipsynteny analysis - chr 5 v 8.zip### tsvs.zipAn archive containing all csvs in the analysis.### blasts.zipAn archive containing blast results.### coords.zipAn archive containing genome coordinate files.### gffs.zipAn archive containing GFF annotations.### gff3s.zipAn archive containing GFF annotations.### imgs.zipAn archive containing figure files used for preparing the manuscript. ## figsThis directory contains figure files used for preparing the manuscript.

## Scripts_used_CFThis directory contains submission and shell scripts used to conduct the analyses.

# NFP
本数据集关联于论文《NFP介导的根瘤共生趋同演化》。

## 00_序列（00_sequences）
本目录存储NFP/LYR同源基因序列及其注释文件。

## 02_联配序列（02_alignments）
本目录存储NFP基因序列联配文件。

## 03_进化树（03_trees）
本目录存储用于分析的基因进化树与物种树指导文件。

## 04_基因树调和分析（04_reconciliation）
本目录存储用于基因树调和分析的Notung文件与绘图文件。

## 05_共线性分析（05_synteny）
本目录存储共线性分析相关文件。根目录下包含Circos绘图文件，以及子目录`Synteny.2.2020`，该子目录内含分析脚本、汇总输出结果，同时包含以下归档文件：
- Results_Apr01.zip：共线性分析结果汇总文件
- csvs.zip：存储本次分析中所有CSV格式文件的归档
- fastas.zip：共线性分析（5号染色体与8号染色体比对）相关FASTA格式文件归档
- tsvs.zip：存储本次分析中所有CSV格式文件的归档
- blasts.zip：存储BLAST分析结果的归档文件
- coords.zip：存储基因组坐标文件的归档文件
- gffs.zip：存储GFF格式注释文件的归档文件
- gff3s.zip：存储GFF3格式注释文件的归档文件
- imgs.zip：存储论文绘图所用插图文件的归档文件

## figs（绘图文件目录）
本目录存储用于论文撰写的绘图文件。

## Scripts_used_CF（分析脚本目录）
本目录存储用于开展本次分析的提交脚本与Shell脚本。