Supplementary Data for the article "Homologous ABA-independent kinase tracks coalesced into osmotic stress circuits during plant terrestrialization"

Supplementary Data for the article "Homologous ABA-independent kinase tracks coalesced into osmotic stress circuits during plant terrestrialization" Supplementary Data 1: Phylogenetics -ABF_phylogenetics -HK_phylogenetics -PP2C_phylogenetics -RAF_phylogenetics -SnRK2_Phylogenetics Supplementary Data 2: Phosphoproteomics -impute_phospho -Phosphoprotemics_stats_annotation -Shiny_app (1hourupset.tsv 3hourupset.tsv ShinyData_1h.tsv ShinyData_3h.tsv shiny_app.R) -total_proteome_stats Supplementary Data 3: CoIP -EggnogAnnotation_PhyscomitriumMesotaeniumZygnemaColeochaeteClosterium -Eggnog_CompleteOutput -MetaMorpheus_Output -Results_Qualitative_QoIP Supplementary Data 4: DAPseq -ABFPeak_GeneMatch_SalManExpression_integrated -MACS2_callpeak_on_ME1_vs_PEP_OneDUP.bedgraph .FUNCE_results_insideGene -MACS2_summits_ME1_vs_PEP_OneDup -FUNCE_results_promoterRegion -findMotifsGenome_on_ME1_peaks__Known_motifs_html Supplementary Data 5: Y2H -ABF_Y2Hscreen_positiveclones -SnRK2_Y2Hscreen_positiveclones Supplementary Data 6: Hormones -Data_Stats_Apocarotanoids -list_of_analysed _phytohormones《植物登陆过程中同源非脱落酸(ABA)依赖激酶通路整合为渗透胁迫调控通路》论文的补充数据 补充数据1：系统发育分析 - ABF（ABA响应元件结合因子）系统发育分析 - HK系统发育分析 - PP2C系统发育分析 - RAF系统发育分析 - SnRK2系统发育分析 补充数据2：磷酸化蛋白质组学 - 磷酸化数据填充 - 磷酸化蛋白质组学统计与注释 - Shiny应用（包含1hourupset.tsv、3hourupset.tsv、ShinyData_1h.tsv、ShinyData_3h.tsv及shiny_app.R文件） - 总蛋白质组统计数据 补充数据3：免疫共沉淀(CoIP) - 小立碗藓、中实藻、双星藻、Coleochaete、转板藻的Eggnog注释 - Eggnog完整输出结果 - MetaMorpheus分析输出结果 - 定性免疫共沉淀结果 补充数据4：DNA亲和纯化测序(DAP-seq) - ABF结合峰与基因匹配及SalMan表达量整合数据 - ME1与PEP组比较的MACS2峰调用结果（OneDUP.bedgraph格式） - 基因区域内FUNCE分析结果 - ME1与PEP组比较的MACS2峰峰位数据 - 启动子区域FUNCE分析结果 - ME1结合峰的findMotifsGenome分析结果（已知基序HTML报告） 补充数据5：酵母双杂交(Y2H) - ABF酵母双杂交筛选阳性克隆数据 - SnRK2酵母双杂交筛选阳性克隆数据 补充数据6：激素相关数据 - 脱辅基类胡萝卜素统计数据 - 已分析植物激素列表