Mus musculus 129S1/SvImJ

High confidence set 386 tRNAs decoding standard 20 AA 385 Selenocysteine tRNAs (TCA) 1 Notable atypical predictions Anticodon/isotype mismatch 5 Unexpected anticodons 2 Other tRNA-like predictions Primary filter (tRNAscan-SE pseudogenes) 34173 Secondary filter (low feature scores, possible rep. element) 4056 Tertiary filter (excessive isotype copies, possible rep. element) 1 Arg TCT 4 Leu CAA 4 Ile TAT 4 Tyr GTA 10 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ala AGC 13 GGC CGC 9 TGC 13 35 Gly ACC GCC 13 CCC 5 TCC 7 25 Pro AGG 6 GGG CGG 3 TGG 7 16 Thr AGT 9 GGT CGT 4 TGT 4 17 Val AAC 6 GAC CAC 11 TAC 3 20 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ser AGA 9 GGA CGA 3 TGA 3 ACT GCT 7 22 Arg ACG 6 GCG CCG 3 TCG 5 CCT 5 TCT 5 24 Leu AAG 4 GAG CAG 11 TAG 3 CAA 4 TAA 4 26 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Phe AAA GAA 7 7 Asn ATT GTT 13 13 Lys CTT 18 TTT 11 29 Asp ATC GTC 13 13 Glu CTC 12 TTC 7 19 His ATG GTG 9 9 Gln CTG 11 TTG 6 17 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ile AAT 12 GAT CAT TAT 4 16 iMet/Met CAT 9/8 17 Tyr ATA GTA 10 10 Supres TCA CTA TTA 0 Cys ACA GCA 42 42 Trp CCA 8 8 SelCys TCA 1 1

高置信度集合：包含386条解码标准20种氨基酸的转运RNA（transfer RNA，tRNA），以及385条硒半胱氨酸tRNA（Selenocysteine tRNA，TCA）。存在1项显著非典型预测：反密码子（anticodon）/同工型（isotype）错配；5种未预期反密码子；2条类tRNA预测序列。过滤流程如下：1. 初级过滤（基于tRNAscan-SE的假基因筛选）：剩余34173条序列；2. 次级过滤（特征分值偏低，疑似重复序列元件）：剩余4056条序列；3. 三级过滤（同工型拷贝数过高，疑似重复序列元件）：剩余4条序列。部分氨基酸特异tRNA计数：精氨酸（Arg）TCT反密码子型4条；亮氨酸（Leu）CAA反密码子型4条；异亮氨酸（Ile）TAT反密码子型4条；酪氨酸（Tyr）GTA反密码子型10条。按反密码子统计的同工型tRNA数量（总计）：丙氨酸（Ala）：AGC 13条、CGC 9条、TGC 13条，总计35条；甘氨酸（Gly）：ACC 13条、GCC 13条、CCC 5条、TCC 7条，总计25条；脯氨酸（Pro）：AGG 6条、GGG、CGG 3条、TGG 7条，总计16条；苏氨酸（Thr）：AGT 9条、GGT、CGT 4条、TGT 4条，总计17条；缬氨酸（Val）：AAC 6条、GAC、CAC 11条、TAC 3条，总计20条；丝氨酸（Ser）：AGA 9条、GGA、CGA 3条、TGA 3条、ACT、GCT 7条，总计22条；精氨酸（Arg）：ACG 6条、GCG、CCG 3条、TCG 5条、CCT 5条、TCT 5条，总计24条；亮氨酸（Leu）：AAG 4条、GAG、CAG 11条、TAG 3条、CAA 4条、TAA 4条，总计26条；苯丙氨酸（Phe）：AAA、GAA 7条，总计7条；天冬酰胺（Asn）：ATT、GTT 13条，总计13条；赖氨酸（Lys）：CTT 18条、TTT 11条，总计29条；天冬氨酸（Asp）：ATC、GTC 13条，总计13条；谷氨酸（Glu）：CTC 12条、TTC 7条，总计19条；组氨酸（His）：ATG、GTG 9条，总计9条；谷氨酰胺（Gln）：CTG 11条、TTG 6条，总计17条；异亮氨酸（Ile）：AAT 12条、GAT、CAT、TAT 4条，总计16条；起始甲硫氨酸/甲硫氨酸（iMet/Met）：CAT反密码子型9/8条，总计17条；酪氨酸（Tyr）：ATA、GTA 10条，总计10条；抑制型tRNA（Supres）：TCA、CTA、TTA反密码子型0条；半胱氨酸（Cys）：ACA、GCA 42条，总计42条；色氨酸（Trp）：CCA 8条，总计8条；硒半胱氨酸tRNA（SelCys）：TCA 1条，总计1条。