SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Für die Planung von Maßnahmen zur Eindämmung von COVID-19 kommt der genauen Kenntnis der Eigenschaften von SARS-CoV-2 eine zentrale Bedeutung zu. Eine besondere Rolle spielen in diesem Zusammenhang Mutationen des Virus. Für eine erfolgreiche Eindämmung der Pandemie ist es daher entscheidend, einen detaillierten Überblick über die Ausbreitungsmuster spezifischer SARS-CoV-2-Mutationen zu erhalten und auch neue Mutation frühzeitig zu entdecken.<br>Hierfür stellt das Robert Koch-Institut die Systeme zur bundesweiten molekularen Surveillance bereit. Jedes Labor in Deutschland, das SARS-CoV-2 sequenziert, ist laut der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 verpflichtet, dem Robert Koch-Institut die Sequenz- und zugehörige Metadaten zu übermitteln. Technisch erfolgt diese Übermittlung über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH).<br>Im Projekt "OSEDA - Offene Sequenzdaten" verpflichtet sich das RKI, die aufgearbeiteten und qualitätskontrollierten Sequenzdaten zusammen mit einer Auswahl von klinisch-epidemiologischen Daten über die öffentlich zugängliche Repositorien des European Nucleotide Archive) und GISAID für weitere Forschungsvorhaben bereitzustellen.在COVID-19防控措施的规划工作中，精准掌握严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的各项特性具有核心意义。在此背景下，该病毒的突变发挥着特殊作用。因此，若要成功遏制新冠大流行，关键在于全面掌握特定SARS-CoV-2突变株的传播模式，并实现对新型突变的早期发现。 为此，罗伯特·科赫研究所（Robert Koch-Institut, RKI）搭建了覆盖全德国范围的分子监测系统。根据《冠状病毒SARS-CoV-2分子遗传学监测条例》，德国境内所有开展SARS-CoV-2病毒测序工作的实验室，均有义务向罗伯特·科赫研究所提交测序数据及相关元数据（metadata）。该数据提交流程依托德国电子序列数据中心（Deutsches Elektronische Sequenzdaten-Hub, DESH）完成。 在“OSEDA - 开放序列数据”项目框架下，罗伯特·科赫研究所承诺，将经过整理优化与质量管控的序列数据，结合精选的临床流行病学数据，通过欧洲核苷酸档案馆（European Nucleotide Archive, ENA）与全球流感数据共享倡议（Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID）的公开可访问数据库仓储平台，开放以供后续科研项目使用。