Genetic and Phenotypic Intra-Species Variation in Candida albicans: Differential expression analysis

Differential expression of isolates of Candida albicans grown in YPD using RNA-Seq. We examined transcript level changes in YPD for five strains; P94015 (two replicates) and P60002 were compared to three other strains as controls (SC5314, P87, GC75). Sample name|title|strain|SRA accession Candida albicans strain P94015 replicate 1|Candida albicans strain P94015 in YPD|P94015|SRX186183 Candida albicans strain P94015 replicate 2|Candida albicans strain P94015 in YPD|P94015|SRX337483 Candida albicans strain P94015 replicate 2|Candida albicans strain P94015 in YPD|P94015|SRX337482 Candida albicans strain P94015 replicate 2|Candida albicans strain P94015 in YPD|P94015|SRX337481 Candida albicans strain SC5314 |Candida albicans strain SC5314 in YPD|SC5314|SRX131011 Candida albicans strain SC5314 |Candida albicans strain SC5314 in YPD|SC5314|SRX129863 Candida albicans strain P87|Candida albicans strain P87 in YPD|P87|SRX129856 Candida albicans strain P87|Candida albicans strain P87 in YPD|P87|SRX131022 Candida albicans strain GC75|Candida albicans strain GC75 in YPD|GC75|SRX131009 Candida albicans strain GC75|Candida albicans strain GC75 in YPD|GC75|SRX129858 Candida albicans strain P60002|Candida albicans strain P60002 in YPD|P60002|SRX186182 SRX186183, SRX186182 processed with Base caller: GAPipeline RTA1.13.48 Sequencer Application 1.5.15.1 SRX337483, SRX337482, SRX337481 processed with Base caller: GAPipeline RTA1.17.20 Sequencer Application 2.0.5 SRX131011, SRX129863, SRX129856,SRX131022, SRX131009, SRX129858 processed with Base caller: GAPipeline RTA1.12.4.2 Sequencer Application 1.4.8 Aligner: Trinity (version r2012-05-18) alignReads.pl (parameters --aligner bowtie (version 1) and --SS_lib_type RF) Estimate counts: Trinity run_RSEM.pl (RSEM version1.1.18) on properly mapped paired reads (parameters --paired --no_group_by_component --SS_lib_type RF) Normalized counts: Trinity summarize_RSEM_fpkm.pl on RSEM output Differential expression: edgeR (version 3.4.2) with TMM normalization, strains SC5314, GC75 and P87 were used as the wild type comparison in differential expression analysis. genome build A21-s02-m01-r01 Log2FC and FDR (as qvalue) from Edge R along with FPKM counts of strains grown in YPD

本数据集针对在YPD培养基中培养的白色念珠菌（Candida albicans）分离株的差异表达谱开展RNA测序（RNA-Seq）分析。本研究以SC5314、P87、GC75共3株菌株作为对照，对5株菌株（其中P94015设置2个生物学重复，P60002为待比较菌株）在YPD培养基中的转录水平变化进行了检测。
样本信息按「样本名称|实验标题|菌株编号|SRA登录号」格式整理如下：
白色念珠菌P94015株重复1|YPD培养基中培养的白色念珠菌P94015株|P94015|SRX186183
白色念珠菌P94015株重复2|YPD培养基中培养的白色念珠菌P94015株|P94015|SRX337483
白色念珠菌P94015株重复2|YPD培养基中培养的白色念珠菌P94015株|P94015|SRX337482
白色念珠菌P94015株重复2|YPD培养基中培养的白色念珠菌P94015株|P94015|SRX337481
白色念珠菌SC5314株|YPD培养基中培养的白色念珠菌SC5314株|SC5314|SRX131011
白色念珠菌SC5314株|YPD培养基中培养的白色念珠菌SC5314株|SC5314|SRX129863
白色念珠菌P87株|YPD培养基中培养的白色念珠菌P87株|P87|SRX129856
白色念珠菌P87株|YPD培养基中培养的白色念珠菌P87株|P87|SRX131022
白色念珠菌GC75株|YPD培养基中培养的白色念珠菌GC75株|GC75|SRX131009
白色念珠菌GC75株|YPD培养基中培养的白色念珠菌GC75株|GC75|SRX129858
白色念珠菌P60002株|YPD培养基中培养的白色念珠菌P60002株|P60002|SRX186182

其中SRX186183、SRX186182的测序数据采用碱基识别工具（Base caller）GAPipeline RTA1.13.48、测序应用程序版本1.5.15.1进行处理；
SRX337483、SRX337482、SRX337481的测序数据采用碱基识别工具GAPipeline RTA1.17.20、测序应用程序版本2.0.5进行处理；
剩余样本SRX131011、SRX129863、SRX129856、SRX131022、SRX131009、SRX129858的测序数据采用碱基识别工具GAPipeline RTA1.12.4.2、测序应用程序版本1.4.8进行处理。

序列比对采用Trinity（版本r2012-05-18）的alignReads.pl工具，比对参数为`--aligner bowtie (version 1)`及`--SS_lib_type RF`；
转录本计数估算采用Trinity的run_RSEM.pl工具（RSEM版本1.1.18），针对成功比对的双端reads进行计数，参数设置为`--paired --no_group_by_component --SS_lib_type RF`；
归一化计数通过Trinity的summarize_RSEM_fpkm.pl工具基于RSEM输出结果计算得到；
差异表达分析采用edgeR（版本3.4.2）并结合TMM归一化方法，以SC5314、GC75及P87作为野生型对照菌株开展差异比较分析。
本数据集采用的基因组版本为A21-s02-m01-r01。
最终分析结果包含基于edgeR得到的log2倍变化（log2FC）与错误发现率（FDR，以qvalue表示），以及各YPD培养基培养菌株的FPKM计数信息。