Molecular Dynamics Simulation Trajectory Of An Anionic Lipid Bilayer: 100 Mol% Pops With Na+ Counterions Using Ff99 Ions

<strong>System: </strong>Symmetric bilayer of anionic POPS (palmitoyl-oleoyl-phosphatidylserine 100 mol-%) lipids with sodium (Na⁺) counter ions. <strong>Number of POPS:</strong> 128.<br> <strong>Number of Na⁺-ions:</strong> 128.<br> <strong>Number of waters:</strong> 4480. <strong>Lipid model:</strong> Amber Lipid 17 [IR Gould, AA Skjevik, CJ Dickson, BD Madej, RC Walker: "Lipid17: A Comprehensive AMBER Force Field for the Simulation of Zwitterionic and Anionic Lipids" in prep. (2018)]. <strong>Ion model:</strong> Amber ff99 [J Åqvist <em>J. Phys. Chem.</em> <strong>94</strong> 8021 (1990)]. <strong>Water model:</strong> TIP3P [WL Jorgensen, J Chandrasekhar, JD Madura, RW Impey, ML Klein <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>79</strong> 926 (1983)]. <strong>Simulation engine:</strong> Amber16 [DA Case et al. <em>AMBER 2017</em> UCSF (2017)]. <strong>Number of independent repeats per setup: </strong>2.<br> <strong>Trajectory lengths per repeat:</strong> 400 ns + 100 ns.<br> <strong>Previously equilibrated for:</strong> 100 ns.<br> <strong>Sampling rate:</strong> every 10 ps. <strong>Time integration step:</strong> 2 fs. <strong>Thermodynamic ensemble:</strong> NpT. <br> <strong>Temperature coupling:</strong> 'Langevin' at T = 298 K.<br> <strong>Pressure coupling: '</strong>Berendsen' [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>81</strong> 3684 (1984); <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>103</strong> 10252 (1995)] with xy and z coupled separately at p = 1.0 bar with no surface tension. <strong>Electrostatics: </strong>PME [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>98</strong> 10089 (1993);<em> J. Chem. Theory Comput.</em> <strong>9</strong> 3878 (2013)].<br> <strong>Van der Waals:</strong> Turned off between 1.0 nm and 1.5 nm. <strong>Constraints: </strong>Lengths of covalent bonds involving Hydrogens in lipids using SHAKE [<em>J. Comput. Phys.</em> <strong>23</strong> 327 (1977)], in water using SETTLE [<em>J. Comput. Chem. </em><strong>13</strong> 952 (1992)]. <strong>Used in publications: </strong>OHS Ollila et al. "NMRlipids IV: Headgroup &amp; glycerol backbone structures, and cation binding in bilayers with PS lipids" in prep (2018).体系：由以钠离子（Na⁺）为抗衡离子的100mol%阴离子型POPS（棕榈酰油酰磷脂酰丝氨酸，palmitoyl-oleoyl-phosphatidylserine）脂质构成的对称双层膜。 POPS分子数：128。 钠离子（Na⁺）数目：128。 水分子数目：4480。 脂质力场模型：Amber Lipid 17 [IR Gould、AA Skjevik、CJ Dickson、BD Madej、RC Walker：《Lipid17：用于两性与阴离子脂质模拟的全维度AMBER力场》，待发表（2018）]。 离子力场模型：Amber ff99 [J Åqvist，《物理化学杂志》（*J. Phys. Chem.*），第94卷，第8021页（1990）]。 水分子模型：TIP3P [WL Jorgensen、J Chandrasekhar、JD Madura、RW Impey、ML Klein，《化学物理杂志》（*J. Chem. Phys.*），第79卷，第926页（1983）]。 模拟软件：Amber16 [DA Case等，《AMBER 2017》，加州大学旧金山分校（UCSF），2017]。 每组独立重复次数：2。 每条轨迹时长：400 ns + 100 ns。 预平衡时长：100 ns。 采样频率：每10 ps采集一次数据。 时间积分步长：2 fs。 热力学系综：NpT系综。 温度耦合方式：采用朗之万（Langevin）温控，温度设定为298 K。 压力耦合方式：采用贝伦德森（Berendsen）压控[《化学物理杂志》（*J. Chem. Phys.*），第81卷，第3684页（1984）；《化学物理杂志》，第103卷，第10252页（1995）]，分别对xy平面与z轴方向进行耦合，压力设定为1.0 bar，无表面张力。 静电相互作用处理：采用PME方法[《化学物理杂志》，第98卷，第10089页（1993）；《化学理论与计算杂志》（*J. Chem. Theory Comput.*），第9卷，第3878页（2013）]。 范德华相互作用：在1.0 nm至1.5 nm区间内进行截断处理。 约束算法：对于脂质中含氢的共价键，采用SHAKE算法约束其键长[《计算物理杂志》（*J. Comput. Phys.*），第23卷，第327页（1977）]；对于水分子，采用SETTLE算法约束其键长[《计算化学杂志》（*J. Comput. Chem.*），第13卷，第952页（1992）]。 已用于发表文献：OHS Ollila等，《NMRlipids IV：磷脂酰丝氨酸脂质双层的头部基团与甘油骨架结构及阳离子结合特性》，待发表（2018）。