Genetic analyses of eight complex diseases using predicted continuous representations of disease

This repository contains the following contents: Pooled ancestry summary statistics (used for main comparison analyses) Case-control regenie outputs.gzip Predicted (all feature) regenie outputs.gzip PLINK clumping outputs.zip Ancestry-specific summary statistics (used for MTAG and PRS) Ancestry-specific case-control regenie outputs.gzip Ancestry-specific predicted (all feature) regenie outputs.gzip Other files Analysis scripts.zip: Additional analysis scripts (e.g., regenie, MTAG, PRS-CSx) that can also be found in the accompanying GitHub repository. Data and code for figures and tables.tar.gz: Files and code needed to reproduce figures and tables. Mendelian randomization results.tsv: IVW and robust Mendelian randomization results for all tested exposure-outcome pairs MTAG outputs.gzip: MTAG results and summary statistics (IMPORTANT: Trait 2 is the boosted case-control phenotype) PRS-CSx weights.gzip: Per variant weights for each ancestry Variant to gene map.pkl: Pickle file mapping all tested variants to genes using Ensembl VEP and Open Targets V2G.本仓库包含以下内容： 合并祖先汇总统计量（Pooled ancestry summary statistics，用于主要对比分析） 病例-对照regenie分析结果文件（gzip压缩格式） 全特征预测regenie分析结果文件（gzip压缩格式） PLINK聚类（clumping）结果文件（zip压缩格式） 按祖先分类的汇总统计量（Ancestry-specific summary statistics，用于MTAG和PRS分析） 按祖先分类的病例-对照regenie分析结果文件（gzip压缩格式） 按祖先分类的全特征预测regenie分析结果文件（gzip压缩格式） 其他文件 分析脚本压缩包（Analysis scripts.zip）：包含额外分析脚本（如regenie、MTAG、PRS-CSx），相关脚本亦可于配套GitHub仓库中获取。 图表与表格数据及代码压缩包（Data and code for figures and tables.tar.gz）：包含复现论文图表与表格所需的全部数据与代码文件。 孟德尔随机化（Mendelian randomization）结果文件（Mendelian randomization results.tsv）：包含所有测试暴露-结局对的逆方差加权（Inverse Variance Weighted，简称IVW）与稳健型孟德尔随机化分析结果。 MTAG分析结果压缩包（MTAG outputs.gzip）：包含MTAG分析结果及汇总统计量（重要提示：性状2为增强型病例-对照表型）。 PRS-CSx权重压缩包（PRS-CSx weights.gzip）：包含各祖先对应的单变异权重。 变异-基因映射文件（Variant to gene map.pkl）：采用Ensembl VEP与Open Targets V2G工具构建的Pickle格式文件，用于将所有测试变异映射至对应基因。