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Closterium sp. NIES-67

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Genomic tRNA Database2026-04-18 收录
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https://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Clost1/
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资源简介:
High confidence set 732 tRNAs decoding standard 20 AA 731 Selenocysteine tRNAs (TCA) 1 Notable atypical predictions Anticodon/isotype mismatch 322 Unexpected anticodons 47 Other tRNA-like predictions Primary filter (tRNAscan-SE pseudogenes) 24 Secondary filter (low feature scores, possible rep. element) 137 Gly GCC 32 Met CAT 9 Tyr GTA 10 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ala AGC 27 GGC CGC 11 TGC 8 46 Gly ACC GCC 52 CCC 7 TCC 6 65 Pro AGG 17 GGG CGG 5 TGG 6 28 Thr AGT 8 GGT CGT 5 TGT 27 40 Val AAC 7 GAC CAC 12 TAC 4 23 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ser AGA 10 GGA CGA 26 TGA 38 ACT GCT 30 104 Arg ACG 13 GCG CCG 4 TCG 4 CCT 6 TCT 5 32 Leu AAG 15 GAG CAG 14 TAG 3 CAA 3 TAA 35 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Phe AAA GAA 27 27 Asn ATT GTT 39 39 Lys CTT 55 TTT 4 59 Asp ATC GTC 28 28 Glu CTC 22 TTC 24 46 His ATG GTG 8 8 Gln CTG 8 TTG 2 10 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ile AAT 15 GAT CAT TAT 15 iMet/Met CAT 13/30 43 Tyr ATA GTA 33 33 Supres TCA CTA TTA 0 Cys ACA GCA 37 37 Trp CCA 13 13 SelCys TCA 1 1

高置信度集合包含732条解码标准20种氨基酸的转运RNA(transfer RNA, tRNA)、731条反密码子为TCA的硒代半胱氨酸tRNA。值得关注的非典型预测结果包括:反密码子/同工型错配322条、意外反密码子47条、其他类tRNA预测结果(原文未标注具体数量)。一级过滤(基于tRNAscan-SE鉴定的假基因):24条;二级过滤(特征评分较低,疑似重复序列):137条。 单独统计的同工型tRNA计数: 1. 甘氨酸(Gly)GCC型:32条 2. 甲硫氨酸(Met)CAT型:9条 3. 酪氨酸(Tyr)GTA型:10条 按反密码子统计的同工型tRNA总计数如下: 第一组: - 丙氨酸(Ala):AGC型27条、GGC型11条、TGC型8条,总计46条 - 甘氨酸(Gly):ACC型52条、CCC型7条、TCC型6条,总计65条 - 脯氨酸(Pro):AGG型17条、CGG型5条、TGG型6条,总计28条 - 苏氨酸(Thr):AGT型8条、CGT型5条、TGT型27条,总计40条 - 缬氨酸(Val):AAC型7条、CAC型12条、TAC型4条,总计23条 第二组: - 丝氨酸(Ser):AGA型10条、GGA型26条、TGA型38条、GCT型30条,总计104条 - 精氨酸(Arg):ACG型13条、CCG型4条、TCG型4条、CCT型6条、TCT型5条,总计32条 - 亮氨酸(Leu):AAG型15条、CAG型14条、TAG型3条、CAA型3条、TAA型35条,总计70条 第三组: - 苯丙氨酸(Phe):AAA型27条、GAA型27条,总计54条 - 天冬酰胺(Asn):ATT型39条、GTT型39条,总计78条 - 赖氨酸(Lys):CTT型55条、TTT型4条,总计59条 - 天冬氨酸(Asp):ATC型28条、GTC型28条,总计56条 - 谷氨酸(Glu):CTC型22条、TTC型24条,总计46条 - 组氨酸(His):ATG型8条、GTG型8条,总计16条 - 谷氨酰胺(Gln):CTG型8条、TTG型2条,总计10条 第四组: - 异亮氨酸(Ile):AAT型15条、TAT型15条,总计30条(原文标注为Ile AAT 15 GAT CAT TAT 15,按有效计数整理) - 起始甲硫氨酸/甲硫氨酸(iMet/Met):CAT型,其中起始甲硫氨酸13条、甲硫氨酸30条,总计43条 - 酪氨酸(Tyr):ATA型33条、GTA型33条,总计66条 - 抑制型tRNA:反密码子为TCA、CTA、TTA的类型,共计0条 - 半胱氨酸(Cys):ACA型37条、GCA型37条,总计74条 - 色氨酸(Trp):CCA型13条,总计13条 - 硒代半胱氨酸tRNA(SelCys):反密码子为TCA,共计1条
提供机构:
UCSC Genomic tRNA Database
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