minus_assembly_dataset

Contains seven items:<i>V. vitis-idaea</i> ssp. <i>minus</i> <i>de novo</i> assembly in fasta format.<i>V. vitis-idaea</i> ssp. <i>minus</i> scaffolded assembly by mapping to the bilberry genome in agp format based on contig names in the <i>de novo</i> assembled genome (<i>V. myrtillus</i>; Wu et al. 2021).<i>V. vitis-idaea</i> ssp. <i>minus</i> scaffolded assembly by mapping to the bilberry genome in fasta format (<i>V. myrtillus</i>; Wu et al. 2021).Annotation of genes/mRNAs associated with the scaffolded genome in .gff3 format.Protein sequences from gene annotation in amino acid fasta or faa format.Coding sequences in nucleotide fasta format.Annotation of transposable elements associated with the scaffolded genome in gff3 format.Raw sequences generated in this study are found in NCBI under PRJNA998787: Oxford Nanopore (SRR25468432-SRR25468441), Illumina NovaSeq (SRR25477289)The contig-level assembly fasta can also be found in NCBI: JAUYVF000000000Reference: Wu,C., Deng,C., Hilario,E., Albert,N., Lafferty,D., Plunkett,B., Elborough,C., Saei,A., Jaakola,L., Karppinen,K., Grande,A., Kylli,R., Allan,A., Espley,R. and Chagne,D. 2021. A chromosome-scale assembly of the bilberry genome identifies a complex locus controlling berry anthocyanin composition. Molecular Ecology Resources, DOI 10.1111/1755-0998.13467

本数据集包含7项内容：
1. 越橘（*Vaccinium vitis-idaea*）亚种*minus*的从头（de novo）组装序列，格式为FASTA（FASTA）。
2. 基于该从头组装基因组（*Vaccinium myrtillus*；Wu等，2021）的重叠群名称，将越橘亚种*minus*的测序数据比对至欧洲越橘（bilberry，即*V. myrtillus*）基因组后得到的支架组装序列，格式为AGP（AGP）。
3. 基于上述同一参考基因组（*Vaccinium myrtillus*；Wu等，2021），将越橘亚种*minus*的测序数据比对至欧洲越橘基因组后得到的支架组装序列，格式为FASTA（FASTA）。
4. 与该支架组装基因组相关的基因/mRNA注释信息，格式为GFF3（GFF3）。
5. 基因注释得到的蛋白质序列，格式为氨基酸FASTA（或FAA（FAA））。
6. 编码区序列（CDS），格式为核苷酸FASTA（FASTA）。
7. 与该支架组装基因组相关的转座元件注释信息，格式为GFF3（GFF3）。

本研究产生的原始测序数据已上传至NCBI数据库，项目编号为PRJNA998787，包含牛津纳米孔（Oxford Nanopore）测序数据（SRR25468432-SRR25468441）与Illumina NovaSeq测序数据（SRR25477289）。

该重叠群水平组装的FASTA序列亦可在NCBI数据库获取，登录号为JAUYVF000000000。

参考文献：Wu, C., Deng, C., Hilario, E., Albert, N., Lafferty, D., Plunkett, B., Elborough, C., Saei, A., Jaakola, L., Karppinen, K., Grande, A., Kylli, R., Allan, A., Espley, R. & Chagne, D. 2021. 欧洲越橘基因组染色体级组装鉴定出控制浆果花青素组成的复杂位点. 《分子生态学资源》, DOI: 10.1111/1755-0998.13467