Abasy Atlas

Abasy Atlas consolidates information from different sources into historical snapshots of meta-curated GRNs (Gene Regulatory Networks) in bacteria. The new version of Abasy Atlas provides 76 networks (204,282 regulatory interactions) covering 42 bacteria (64% Gram-positive and 36% Gram-negative) distributed in 9 species (Mycobacterium tuberculosis, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Corynebacterium glutamicum, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, and Streptomyces coelicolor), containing 8459 regulons and 4335 modules.Abasy 图谱（Abasy Atlas）将多源信息整合为细菌中经过元审核的基因调控网络（Gene Regulatory Networks, GRNs）的历史快照集。该新版Abasy图谱共收录76个基因调控网络，涵盖204282条调控相互作用，涉及42种细菌（其中64%为革兰氏阳性菌，36%为革兰氏阴性菌），分属于9个物种：结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）、大肠杆菌（Escherichia coli）、谷氨酸棒状杆菌（Corynebacterium glutamicum）、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）、铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）、酿脓链球菌（Streptococcus pyogenes）、肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）以及天蓝色链霉菌（Streptomyces coelicolor），共计包含8459个调控子（regulons）与4335个功能模块（modules）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

Abasy Atlas是一个整合多源信息的细菌基因调控网络综合图谱，提供高质量的系统级分析数据。最新版本包含102个网络（338,001个调控相互作用），覆盖9个物种的42种细菌，并包含13,742个调节子和7,193个系统。