Md Simulation Trajectory Of A Popc/Pops (4:1) Bilayer With 1M Nacl, Berger Force Field For Lipids And Ffgmx For Ions

MD simulation trajectory of a POPC/POPS (4:1) bilayer with 1M NaCl (102 POPC, 26 POPS, 4290 WAT, 106 Na+, 80 Cl-). Additional Na+ cations added to neutralize the negative charge of POPS. Berger force field for lipids and ffgmx for ions are employed. Gromacs 4.0.7, T=310K, 200 ns trajectories were calculated with the last 50 ns stored here. Used in: P. Jurkiewicz, L. Cwiklik, A. Vojtiskova, P. Jungwirth, M. Hof, Structure, Dynamics, and Hydration of POPC/POPS Bilayers Suspended in NaCl, KCl, and CsCl <br> <em>BBA Biomembranes </em>2012<em>, 1818, 609-616.</em><br> DOI: 10.1016/j.bbamem.2011.11.033本数据集为含1 mol/L氯化钠（NaCl）的POPC/POPS（摩尔比4:1）双层膜的分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟轨迹，体系组成为102个POPC分子、26个POPS分子、4290个WAT（水分子残基）、106个钠离子与80个氯离子。为中和POPS所带负电荷，额外添加了对应数量的钠离子。本模拟采用Berger力场描述脂质分子，采用ffgmx力场描述离子相互作用，使用GROMACS 4.0.7软件完成计算，模拟温度设定为310K，总模拟时长为200 ns，本数据集仅存储模拟后50 ns的轨迹数据。 本数据集被应用于以下研究： P. Jurkiewicz、L. Cwiklik、A. Vojtiskova、P. Jungwirth、M. Hof，《悬浮于NaCl、KCl与CsCl中的POPC/POPS双层膜的结构、动力学与水合特性》，刊载于《BBA Biomembranes》2012年，第1818卷，第609-616页。 DOI: 10.1016/j.bbamem.2011.11.033