CryptoCEN data v1.0.0

Data forMJ O'Meara, JR Rapala, CB Nichols, C Alexandre, B Billmyre, JL Steenwyk, A Alspaugh, TR O'MearaCryptoCEN: A Co-Expression Network for <i>Cryptococcus neoformans </i>reveals novel proteins involved in DNA damage repairCode available at https://github.com/maomlab/CalCEN/tree/master/vignettes/CryptoCEN<b>h99_transcript_annotations.tsv</b><i>Cryptococcus neoforman</i> H99 (NCBI Taxon:235443) annotated protein features collected from FungiDB Release 49<b>top_coexp_hits.tsv</b>top 50 CrypoCEN associations for each gene<b>top_coexp_hits_0.05.tsv</b>top CrypoCEN associations for each gene filtered by score &gt; 0.95 and at most 50 per gene<b>Data/estimated_expression_meta.tsv</b>Metadata for RNAseq estimated expression runs<b>Data/estimated_expression.tsv</b>gene by RNA-seq run estimated expression<b>Data/sac_complex_interactions.tsv</b><i>C. neoformans</i> genes that are orthologous to <i>S. cerevisiae</i> genes who's proteins are involved in a protein complex<b>Networks/CryptoCEN_network.tsv</b>Co-expression network<b>Networks/BlastP_network.tsv</b>Protein sequence similarity network<b>Network/CoEvo_network.tsv</b>Co-evolution network

本数据集关联作者：MJ O'Meara、JR Rapala、CB Nichols、C Alexandre、B Billmyre、JL Steenwyk、A Alspaugh、TR O'Meara
CryptoCEN：针对新型隐球菌（Cryptococcus neoformans）的共表达网络，揭示参与DNA损伤修复的新型蛋白质。代码可于 https://github.com/maomlab/CalCEN/tree/master/vignettes/CryptoCEN 获取。
**h99_transcript_annotations.tsv**：从FungiDB第49版收集的新型隐球菌（Cryptococcus neoformans）H99（NCBI分类号：235443）注释蛋白特征文件。
**top_coexp_hits.tsv**：每个基因的前50条CryptoCEN共表达关联记录。
**top_coexp_hits_0.05.tsv**：经得分>0.95过滤且每个基因最多保留50条的CryptoCEN共表达关联记录文件。
**Data/estimated_expression_meta.tsv**：RNA测序（RNA-seq）定量表达实验的元数据文件。
**Data/estimated_expression.tsv**：基因与RNA测序实验对应的定量表达矩阵文件。
**Data/sac_complex_interactions.tsv**：与酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）参与蛋白质复合物的基因存在直系同源关系的新型隐球菌基因列表。
**Networks/CryptoCEN_network.tsv**：共表达网络文件。
**Networks/BlastP_network.tsv**：蛋白质序列相似性网络文件。
**Network/CoEvo_network.tsv**：共进化网络文件。