Slipids Force Field V2.0 (2016)
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Slipids force field: files for Gromacs<br> ----------------------------------------------------------- Authors: Joakim Jämbeck, Inna Ermilova, Alexander Lyubartsev<br> Department of Materials and Environmental Chemistry,<br> Stockholm University, Stockholm 10691 Sweden<br> e-mail: alexander.lyubartsev@mmk.su.se Content: SLipids_FF: directory containing the force field. Included into the Gromacs<br> topology file by: <br> #include "SLipids_FF/forcefield.itp" itp_files: itp files for various lipids The force field can be used together with the AMBER99SB/AMBER03/GAFF<br> for proteins <br> !!!! MAKE SURE YOU CITE THE FOLLOWING REFERENCES WHEN USING THIS FORCE FIELD ! <br> Saturated PC lipids: Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Derivation and Systematic<br> Validation of a Refined All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids",<br> J. Phys. Chem. B, 2012, 116, 3164-3179 (2012) DOI: 10.1021/jp212503e POPC, DOPC, SOPC, DOPE, POPE and similar:<br> <br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "An Extension and Further<br> Validation of an All-Atomistic Force Field for Biological Membranes"<br> J. Chem. Theory Comput., 8, 2938-2948, (2012) DOI: 10.1021/ct300342n PS, PG, SM lipids and Cholesterol: Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Another Piece of the<br> Membrane Puzzle: Extending Slipids Further"<br> J. Chem. Theory Comput., 9 (1), 774-784 (2013) DOI: 10.1021/ct300777p Polyinsaturated lipids: Inna Ermilova and Alexander Lyubartsev:, "Extension of the Slipids Force<br> Field for Polyunsaturated Lipids",<br> J. Phys. Chem. B, 120 (50), 12826–12842 (2016) <br> Cite also this paper on Charmm36 force field since bond and angle parameters,<br> as well as a part of Lennard-Jones parameters and torsion angles in the lipid<br> headgroups in SLipids are taken from the Charmm36 force field: Jeffery B. Klauda, Richard M. Venable, Alfredo Freites, Joseph W. O’Connor,<br> Douglas J. Tobias, Carlos Mondragon-Ramirez, Igor Vorobyov, Alexander D.<br> MacKerell, Jr. and Richard W. Pastor, "Update of the CHARMM all-atom additive<br> force field for lipids: Validation on six lipid types", J.Phys.Chem B, 114,<br> 7830–78 (2010)
Slipids力场：适用于Gromacs的文件 ----------------------------------------------------------- 作者：约阿基姆·延贝克（Joakim Jämbeck）、伊娜·埃尔米洛娃（Inna Ermilova）、亚历山大·柳巴茨夫（Alexander Lyubartsev） 材料与环境化学系，斯德哥尔摩大学，瑞典斯德哥尔摩 10691 电子邮箱：alexander.lyubartsev@mmk.su.se 内容： SLipids_FF目录：包含该力场文件，可通过以下语句导入至Gromacs拓扑文件中： #include "SLipids_FF/forcefield.itp" itp文件：适用于各类脂质的itp格式拓扑文件 该力场可与AMBER99SB、AMBER03、GAFF力场配合用于蛋白质体系的分子模拟 ！！！！使用该力场时务必引用以下文献！ 饱和磷脂酰胆碱（PC）脂质： 约阿基姆·P·M·延贝克与亚历山大·P·柳巴茨夫，《磷脂酰胆碱脂质精细化全原子力场的构建与系统验证》，《物理化学杂志B辑》，2012年，第116卷，3164-3179页（2012），DOI：10.1021/jp212503e POPC、DOPC、SOPC、DOPE、POPE及类似脂质： 约阿基姆·P·M·延贝克与亚历山大·P·柳巴茨夫，《生物膜全原子力场的拓展与进一步验证》，《化学理论与计算杂志》，第8卷，2938-2948页（2012），DOI：10.1021/ct300342n 磷脂酰丝氨酸（PS）、磷脂酰甘油（PG）、鞘磷脂（SM）脂质及胆固醇： 约阿基姆·P·M·延贝克与亚历山大·P·柳巴茨夫，《膜研究拼图的又一块：进一步拓展Slipids力场》，《化学理论与计算杂志》，第9卷第1期，774-784页（2013），DOI：10.1021/ct300777p 多不饱和脂质： 伊娜·埃尔米洛娃与亚历山大·柳巴茨夫，《Slipids力场在多不饱和脂质中的拓展》，《物理化学杂志B辑》，第120卷第50期，12826–12842页（2016） 同时请引用以下关于Charmm36力场的文献，因SLipids力场中的键、角参数，以及脂质头部基团的部分伦纳德-琼斯（Lennard-Jones）参数与二面角参数均取自Charmm36力场： 杰弗里·B·克劳达、理查德·M·维纳布尔、阿尔弗雷多·弗雷泰斯、约瑟夫·W·奥康纳、道格拉斯·J·托比亚斯、卡洛斯·蒙德拉贡-拉米雷斯、伊戈尔·沃罗比约夫、亚历山大·D·麦凯里尔 Jr. 与理查德·W·帕斯托，《脂质用CHARMM全原子加和型力场的更新：六种脂质类型的验证》，《物理化学杂志B辑》，第114卷，7830–78页（2010）
