Metabolite BridgeDb ID Mapping Database (20220707)

BridgeDb ID mapping database for metabolites, using the latest data release of HMDB 4.0 (Release of 2021-11-02), ChEBI 201 (Release of 01 Juli 2022), and Wikidata (07 Juli 2022) as data sources.

Quality control was performed with BridgeDb (3.0.15) against version 20210109

[https://doi.org/10.6084/m9.figshare.13550384], tested in PathVisio 3.3.0.

Contains a large update for Chemspider mappings (+18.0%), Guide to Pharmacology (+25.5%), HMDB (+53.5%), ChEBI (+20.0%), Wikidata (+26.7%), LIPID MAPS (+44.2%), InChI-Keys (+147.4%), PubChem-compound (+40.7%), and DrugBank  (+28.2%).

This work was funded by the NWO Open Science Fund (grant no 203.001.121).

本数据集为面向代谢物的BridgeDb ID映射数据库，数据源采用人类代谢组数据库（HMDB）4.0（2021年11月2日发布的最新数据版本）、ChEBI 201（2022年7月1日发布）以及2022年7月7日版本的Wikidata。

已使用BridgeDb 3.0.15版本对照20210109版本完成质量控制，相关研究可参见[https://doi.org/10.6084/m9.figshare.13550384]，并在PathVisio 3.3.0环境中完成功能测试。

本数据集针对多项映射资源完成了大幅更新：Chemspider映射（增幅+18.0%）、药理学指南（Guide to Pharmacology，增幅+25.5%）、HMDB（增幅+53.5%）、ChEBI（增幅+20.0%）、Wikidata（增幅+26.7%）、LIPID MAPS（增幅+44.2%）、InChI键（InChI-Keys，增幅+147.4%）、PubChem化合物（PubChem-compound，增幅+40.7%）以及DrugBank（增幅+28.2%）。

本研究由NWO开放科学基金（NWO Open Science Fund，项目编号：203.001.121）资助。