Supplement 1. C++ code and R script files for summary statistics, distance metrics, population simulation, and sequential Monte Carlo algorithm used for parameter estimation of a stochastic stage-structured population model.
收藏WILEY2016-08-10 更新2026-04-17 收录
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资源简介：
File List distanceCode.R (MD5: 263965622e4839af0d19193c0cf32195) obsDataC.R (MD5: 0347a95c067dddee0cf34fe286b7ca9c) popSimCodeC_E.R (MD5: 531aafb2d51a23449756138cd8ea994a) simCohortVec.so (MD5: 3ebd32ff70131efa625f378c59e1e46a) SMCcode_E.R (MD5: d7819abf935cec9b4d6f17962eb4fd78) execSMC_C_E.R (MD5: c2583fd6716ac06fb377f75f0fd10e4b) Description We provide functions to compute distances using all candidate summary statistics and distance metrics in distanceCode.R. obsDataC.R is a data file that was used as our "observed" data set. We simulated many data sets using popSimCodeC_E.R. This source file contains both an R function to simulate a data set and an interface to call C++ code simCohortVec.co to simulate a data set. The actual ABC SMC algorithm is coded in a function in SMCcode_E.R.
文件列表：
distanceCode.R（MD5：263965622e4839af0d19193c0cf32195）
obsDataC.R（MD5：0347a95c067dddee0cf34fe286b7ca9c）
popSimCodeC_E.R（MD5：531aafb2d51a23449756138cd8ea994a）
simCohortVec.so（MD5：3ebd32ff70131efa625f378c59e1e46a）
SMCcode_E.R（MD5：d7819abf935cec9b4d6f17962eb4fd78）
execSMC_C_E.R（MD5：c2583fd6716ac06fb377f75f0fd10e4b）
说明：我们提供了可基于distanceCode.R中收录的全部候选摘要统计量与距离度量方法计算距离的函数。obsDataC.R为被用作本次研究「观测数据集」的数据文件。我们依托popSimCodeC_E.R生成了大量数据集，该源文件既集成了用于生成数据集的R函数，也提供了调用C++代码simCohortVec.co以生成数据集的接口。实际的近似贝叶斯计算序列蒙特卡洛（ABC SMC）算法被封装在SMCcode_E.R的一个函数内。
创建时间：
2016-08-10
