Leaf transcriptome sequencing of diverse Pooideae species

RNAseq was performed on diverse grass species from the genera Achnatherum, Aegilops, Agropyron, Avena, Brachypodium, Briza, Cynosurus, Echinaria, Holcus, Hordeum, Koeleria, Lolium, Melica, Phalaris, and Poa that vary for their reaction to wheat stripe rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) to identify NLRs and their relative expression level. Accessions were sequenced using 150 bp paired end reads. RNAseq read quality was assessed and trimmed using Trimmomatic (version 0.36) with the parameters ILLUMINACLIP:2:30:10, LEADING:3, TRAILING:3, SLIDINGWINDOW:4:15, and MINLEN:100. Transcriptome assembly was performed using Trinity (version 2013-11-10) with default parameters.

本研究对来自芨芨草属（Achnatherum）、山羊草属（Aegilops）、冰草属（Agropyron）、燕麦属（Avena）、短柄草属（Brachypodium）、凌风草属（Briza）、洋狗尾草属（Cynosurus）、刺芒草属（Echinaria）、绒毛草属（Holcus）、大麦属（Hordeum）、沟颖草属（Koeleria）、黑麦草属（Lolium）、臭草属（Melica）、棒头草属（Phalaris）以及早熟禾属（Poa）的多种禾本科物种开展RNA测序（RNAseq），这些材料对小麦条锈病（Puccinia striiformis f. sp. tritici）的抗病反应存在差异，本研究旨在鉴定其中的NLR蛋白（NLRs）并分析其相对表达水平。所有供试材料均采用150 bp双端读长进行测序。使用Trimmomatic（版本0.36）对RNA测序读长进行质量评估与修剪，参数设置为ILLUMINACLIP:2:30:10、LEADING:3、TRAILING:3、SLIDINGWINDOW:4:15及MINLEN:100。转录组组装采用Trinity（版本2013-11-10），以默认参数完成组装。