Unweighted UniFrac distances

The unweighted UniFrac distance (Lozupone and Knight AEM 2005) matrix of the 9511 fecal samples used in the American Gut paper. UniFrac was computed using Striped UniFrac (https://github.com/biocore/unifrac). Prior to execution of UniFrac, Deblur (Amir et al mSystems 2017) was run on the samples, all bloom sOTUs were removed (Amir et al mSystems 2017), and samples were rarefied to a depth of 1250 reads (Weiss et al Microbiome 2017). For the phylogeny, fragments were inserted using SEPP (Mirarab et al Pac Symp Biocomput 2012) into the Greengenes 13_5 99% OTU tree (McDonald et al ISME 2012).

本数据集包含美国肠道研究论文中使用的9511份粪便样本的未加权UniFrac距离（unweighted UniFrac distance）矩阵，该距离指标由Lozupone与Knight于2005年发表于《应用与环境微生物学》（AEM）的研究提出。UniFrac距离通过条纹化UniFrac（Striped UniFrac，https://github.com/biocore/unifrac）工具计算得到。在执行UniFrac分析前，已对所有样本运行Deblur（Deblur，Amir等，2017，mSystems）流程，并移除了全部爆发性sOTUs（bloom sOTUs，该筛选方法同样来自上述2017年mSystems的研究）；随后将所有样本抽平至1250条读长的测序深度，该步骤遵循Weiss等人2017年发表于《Microbiome》的研究方法。系统发育树构建环节，使用SEPP（SEPP，Mirarab等，2012，太平洋计算生物研讨会）算法将序列片段插入至Greengenes 13_5版本99%相似度OTU系统发育树中，该系统发育树来自McDonald等人2012年发表于《ISME Journal》的数据集。