Wstępna analiza genów 16s rRNA oraz nodA nierizobiowych endosymbiontów koniczyny białej (Trifolium repens) i czerwonej (Trifolium pratense)

Materiał do badań stanowiło DNA genomowe wyizolowane z hodowli płynnej izolatów bakteryjnych zasiedlających brodawki korzeniowe. DNA genomowe izolowano komercyjnym zestawem Genomic Mini firmy A&A biotechnology. Następnie przeprowadzno reakcję PCR ze starterami Y1 (5′-TGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGC-3′), Y2 (5′-CCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGT-3′) amplifikującymi fragment genu 16S rRNA oraz gyrA-F 5’-CAGTCAGGAAATGCGTACGTCCTT-3’, gyrA-R 5’- CAAGGTAATGCTCCAGGCATTGCT-3’; atpDF 5’-ATCGGCGAGCCGGTCGACGA-3’, atpDR 5’-GCCGACACTTCCGAACCNGCCTG-3’; recA6F 5’-CGKCTSGTAGAGGAYAAATCGGTGGA-3’, recA555R 5’-CGRATCTGGTTGATGAAGTCACCAT-3’; nodA-1 5’-TGCRGTGGAARNTRNNCTGG-3’, nodA-2 5’-GGNCCGTCRTCRAAWGTCAR-3’. Produkty reakcji PCR oczyszczono komercyjnym zestawem Clean-up, jakość i ilość produktów sprawdzono spektrofotometrycznie. Usługę sekwencjonowania zlecono firmie GENOMED.

本研究的实验材料为从定殖于根瘤的细菌分离株液体培养物中分离得到的基因组DNA。基因组DNA采用A&A biotechnology公司的Genomic Mini商用试剂盒提取。随后采用引物Y1（5′-TGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGC-3′）、Y2（5′-CCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGT-3′）扩增16S rRNA基因片段，并通过以下引物对完成其余靶基因的PCR扩增：gyrA-F 5’-CAGTCAGGAAATGCGTACGTCCTT-3’与gyrA-R 5’-CAAGGTAATGCTCCAGGCATTGCT-3’、atpDF 5’-ATCGGCGAGCCGGTCGACGA-3’与atpDR 5’-GCCGACACTTCCGAACCNGCCTG-3’、recA6F 5’-CGKCTSGTAGAGGAYAAATCGGTGGA-3’与recA555R 5’-CGRATCTGGTTGATGAAGTCACCAT-3’、nodA-1 5’-TGCRGTGGAARNTRNNCTGG-3’与nodA-2 5’-GGNCCGTCRTCRAAWGTCAR-3’。PCR扩增产物采用Clean-up商用试剂盒进行纯化，产物的纯度与浓度通过分光光度法检测。测序服务委托GENOMED公司完成。