Ailuropoda melanoleuca (Panda Dec. 2009 BGI-Shenzhen 1.0/ailMel1)

High confidence set 398 tRNAs decoding standard 20 AA 397 Selenocysteine tRNAs (TCA) 1 Notable atypical predictions Anticodon/isotype mismatch 29 Unexpected anticodons 4 Non-canonical anticodon loop length 1 Other tRNA-like predictions Primary filter (tRNAscan-SE pseudogenes) 183250 Secondary filter (low feature scores, possible rep. element) 3548 Tertiary filter (excessive isotype copies, possible rep. element) 143 Arg TCT 5 Leu CAA 7 Lys CTT 1 Ile TAT 5 Tyr GTA 11 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ala AGC 17 GGC CGC 5 TGC 8 30 Gly ACC GCC 10 CCC 4 TCC 4 18 Pro AGG 9 GGG CGG 4 TGG 7 20 Thr AGT 10 GGT CGT 5 TGT 7 22 Val AAC 10 GAC CAC 9 TAC 7 26 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ser AGA 10 GGA CGA 4 TGA 3 ACT GCT 10 27 Arg ACG 8 GCG CCG 5 TCG 5 CCT 7 TCT 6 31 Leu AAG 7 GAG CAG 4 TAG 4 CAA 7 TAA 3 25 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Phe AAA GAA 11 11 Asn ATT GTT 13 13 Lys CTT 35 TTT 14 49 Asp ATC GTC 8 8 Glu CTC 6 TTC 8 14 His ATG GTG 8 8 Gln CTG 12 TTG 4 16 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ile AAT 12 GAT CAT TAT 5 17 iMet/Met CAT 8/11 19 Tyr ATA GTA 11 11 Supres TCA CTA TTA 0 Cys ACA GCA 24 24 Trp CCA 8 8 SelCys TCA 1 1

高置信度集合：包含398条解码标准20种氨基酸的转运RNA（transfer RNA，简称tRNA），以及397条硒半胱氨酸（selenocysteine）tRNA（TCA）。
1. 显著异常预测项：
- 反密码子/同工型错配：29例
- 意外反密码子：4例
- 非典型反密码子环长度：1例
- 其他类tRNA预测

三级过滤统计：
- 一级过滤（tRNAscan-SE 假基因过滤）：183250条
- 二级过滤（特征分值较低，疑似重复元件）：3548条
- 三级过滤（同工型拷贝数过多，疑似重复元件）：143条

按反密码子分类的同工型tRNA计数：
1. 丙氨酸（Ala）：AGC对应17条，GGC、CGC各5条，TGC对应8条，总计30条
2. 甘氨酸（Gly）：ACC、GCC各10条，CCC、TCC各4条，总计18条
3. 脯氨酸（Pro）：AGG对应9条，GGG、CGG各4条，TGG对应7条，总计20条
4. 苏氨酸（Thr）：AGT对应10条，CGT、TGT各5、7条，总计22条
5. 缬氨酸（Val）：AAC对应10条，CAC对应9条，TAC对应7条，总计26条
6. 丝氨酸（Ser）：AGA对应10条，ACT、GCT各10条，CGA对应4条，TGA对应3条，总计27条
7. 精氨酸（Arg）：ACG对应8条，GCG、CCG、TCG各5条，CCT对应7条，TCT对应6条，总计31条
8. 亮氨酸（Leu）：AAG对应7条，GAG、CAG、TAG各4条，CAA对应7条，TAA对应3条，总计25条
9. 苯丙氨酸（Phe）：AAA、GAA各11条，总计11条
10. 天冬酰胺（Asn）：ATT、GTT各13条，总计13条
11. 赖氨酸（Lys）：CTT对应35条，TTT对应14条，总计49条
12. 天冬氨酸（Asp）：ATC、GTC各8条，总计8条
13. 谷氨酸（Glu）：CTC对应6条，TTC对应8条，总计14条
14. 组氨酸（His）：ATG、GTG各8条，总计8条
15. 谷氨酰胺（Gln）：CTG对应12条，TTG对应4条，总计16条
16. 异亮氨酸（Ile）：AAT对应12条，GAT、CAT、TAT各5条，总计17条
17. 起始/延伸甲硫氨酸（iMet/Met）：CAT对应8/11条，总计19条
18. 酪氨酸（Tyr）：ATA、GTA各11条，总计11条
19. 抑制型tRNA（Supres）：TCA、CTA、TTA均为0条
20. 半胱氨酸（Cys）：ACA、GCA各24条，总计24条
21. 色氨酸（Trp）：CCA对应8条，总计8条
22. 硒半胱氨酸tRNA（SelCys）：TCA对应1条