MalesvFemales_IndivXCMS.zipManed wolf (Chrysocyon brachyurus) urinary volatile organic compounds

These data are raw peak areas for urinary VOCs in the maned wolf (Chrysocyon brachyurus). Information about each individual wolf is provided in the table below: CallName SB# Age Sex Institution Housed with Pairing Status Breeding Information Bonita 3231 3 F Beardsley SB#3232 Unpaired NA Same sex sibling pair Chiquita 3232 3 F Beardsley SB#3231 Unpaired NA Same sex sibling pair Yellow 2845 8 F Fossil Rim * Unpaired None seen Mac 3206 4 M Fossil Rim SB#3207 (sister) Unpaired NA Female spayed Cheech 3192 3 M Philadelphia SB#3195 $ Unpaired NA Same sex sibling pair Chong 3195 3 M Philadelphia SB#3192 $ Unpaired NA Same sex sibling pair Flint 2810 8 M SCBI Single Unpaired NA Single Blue 2844 8 M SCBI SB#3184 Paired None seen Uno 3184 4 F SCBI SB#2844 Paired None seen Zonka 2660 10 M WOCC SB#2945 Paired Estimated breeding date = Oct 8, 2014 Kim 2945 8 F WOCC SB#2660 Paired Estimated breeding date = Oct 8, 2014 Elisa 2536 11 F Buffalo SB#3014 N/A N/A Male neutered Kev 3014 7 NeutM Buffalo SB#2536 N/A N/A Male neutered Raw data from GC-MS in MassHunter’s .D format were converted into .mzXML format for data processing steps using ProteoWizard’s MSConvert tool. Files from replicates of each sample were processed together through the xcms R package using R ver 3.6.1. The xcms package contains functions to identify ion peaks, group the same ion peaks across replicates, correct retention time drift using the Obiwarp algorithm, and then use the corrected retention times to regroup ion peaks across replicates. Next, missing ion peaks were filled in. Then a deconvolution algorithm in the camera R package assigned ion peaks into compounds. Ions with the same peak shapes at the same retention times were attributed to the same group to create a compound made up of component ions. This open-source data analysis pipeline is robust, free of cost, and easily accessible, allowing analysis of hundreds or thousands of samples containing millions of ion peaks on a personal computer. Thus, this same data analysis pipeline could easily extend to other species or areas of VOC research. Ion peak areas were then averaged across the three replicates of each sample, creating one mean value per urine sample for each ion. Within each compound group, only the peak area for the quantitative ion (ion with the largest average area) was retained. This value is representative of the abundance of the VOC in that sample. These quantitative ion peak areas are the data that are shared.

本数据集为鬃狼（*Chrysocyon brachyurus*）尿液中挥发性有机化合物（Volatile Organic Compounds，VOCs）的原始峰面积数据。每只受试鬃狼的详细信息如下表所示：

| 受试名称 | SB# | 年龄 | 性别 | 所属机构 | 同居个体 | 配对状态 | 繁殖信息 |
| ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- |
| 邦尼塔（Bonita） | 3231 | 3 | 雌（F） | Beardsley | SB#3232 | 未配对 | 无（NA） | 同性同胞对 |
| 奇基塔（Chiquita） | 3232 | 3 | 雌（F） | Beardsley | SB#3231 | 未配对 | 无（NA） | 同性同胞对 |
| 黄（Yellow） | 2845 | 8 | 雌（F） | Fossil Rim * | 无 | 未配对 | 未观察到繁殖行为 |
| 麦克（Mac） | 3206 | 4 | 雄（M） | Fossil Rim | SB#3207（姐妹） | 未配对 | 无（NA） | 雌性已绝育 |
| 奇奇（Cheech） | 3192 | 3 | 雄（M） | Philadelphia | SB#3195 $ | 未配对 | 无（NA） | 同性同胞对 |
| 崇（Chong） | 3195 | 3 | 雄（M） | Philadelphia | SB#3192 $ | 未配对 | 无（NA） | 同性同胞对 |
| 弗林特（Flint） | 2810 | 8 | 雄（M） | SCBI | 单养 | 未配对 | 无（NA） | 单只饲养 |
| 布鲁（Blue） | 2844 | 8 | 雄（M） | SCBI | SB#3184 | 已配对 | 未观察到繁殖行为 |
| 乌诺（Uno） | 3184 | 4 | 雌（F） | SCBI | SB#2844 | 已配对 | 未观察到繁殖行为 |
| 宗卡（Zonka） | 2660 | 10 | 雄（M） | WOCC | SB#2945 | 已配对 | 预计繁殖日期：2014年10月8日 |
| 金（Kim） | 2945 | 8 | 雌（F） | WOCC | SB#2660 | 已配对 | 预计繁殖日期：2014年10月8日 |
| 埃莉萨（Elisa） | 2536 | 11 | 雌（F） | Buffalo | SB#3014 | 无（N/A） | 无（N/A） | 雄性已绝育 |
| 凯文（Kev） | 3014 | 7 | 绝育雄（NeutM） | Buffalo | SB#2536 | 无（N/A） | 无（N/A） | 雄性已绝育 |

本研究中，来自MassHunter软件生成的.D格式气相色谱-质谱联用（Gas Chromatography-Mass Spectrometry，GC-MS）原始数据，通过ProteoWizard工具包的MSConvert程序转换为.mzXML格式，用于后续数据处理。所有样本的重复样本文件均使用R 3.6.1版本中的xcms R包进行统一处理。xcms包集成了多项分析功能：可识别离子峰、对重复样本中的相同离子峰进行聚类、通过Obiwarp算法校正保留时间漂移，并基于校正后的保留时间对重复样本中的离子峰重新聚类。随后对缺失的离子峰进行补全。之后通过camera R包中的去卷积算法，将离子峰归属为化合物：将保留时间一致且峰形相同的离子划分为同一组，由此构建由特征离子组成的化合物。

该开源数据分析流程稳定性强、免费且易于获取，可在个人计算机上完成包含数百万离子峰的数百乃至数千份样本的分析工作。因此，该数据分析流程可轻松拓展至其他物种或挥发性有机化合物研究的其他领域。

随后，对每个样本的三次重复实验的离子峰面积取平均值，得到每个离子在对应尿液样本中的平均峰面积。在每个化合物组中，仅保留定量离子（平均峰面积最大的离子）的峰面积，该数值可代表该样本中对应挥发性有机化合物的相对丰度。本次共享的数据集即为上述定量离子峰面积数据。