Benchmark datasets and Script for DeepEukFinder
收藏Figshare2023-09-03 更新2026-04-08 收录
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资源简介：
batch_predict_def.sh: script to get results from the test files, usage: (after environment is set to have DeepEukFinder in PATH) bash batch_predict_def.sh.test-data.zip: 20 benchmark datasets for DeepEukFinder. The name of each file"a_b_c_d_e_test.fasta"a: number of prokaryotesb: number of prokaryotic-virusesc: number of plasmidsd: number of eukaryotese: number of eukaryotic-viruses<br><br>
`batch_predict_def.sh`：用于从测试文件获取预测结果的脚本，使用方法为：（需先将DeepEukFinder配置至系统PATH环境变量）`bash batch_predict_def.sh`。
`test-data.zip`：包含20个适用于DeepEukFinder的基准测试数据集。各文件的命名格式为`a_b_c_d_e_test.fasta`，其中：
- a：原核生物（prokaryotes）的数量
- b：原核生物病毒（prokaryotic-viruses）的数量
- c：质粒（plasmids）的数量
- d：真核生物（eukaryotes）的数量
- e：真核生物病毒（eukaryotic-viruses）的数量
提供机构：
Cheng, Siliangyu
创建时间：
2023-09-03
