Virus Orthologous Groups Database

Virus Orthologous Groups Database (VOGDB)是一个多层次数据库，通过渐进式分组将病毒基因连接起来，基于序列相似性、序列谱比对和预测蛋白质结构来寻找同源性。该数据库整合了原核和真核病毒，探索两者间的古老进化关系，使用NCBI RefSeq数据源并每2个月更新一次。VOGDB由triCOG算法进行聚类分析，为新型基因的同源性搜索提供更敏感的方法。Virus Orthologous Groups Database (VOGDB) is a multi-level database that connects viral genes via progressive clustering, and identifies homology based on sequence similarity, profile sequence alignments, and predicted protein structures. It integrates prokaryotic and eukaryotic viruses to explore their ancient evolutionary relationships, uses the NCBI RefSeq data source, and is updated every two months. VOGDB conducts clustering analysis using the triCOG algorithm, providing a more sensitive method for homology searches of novel genes.

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

Virus Orthologous Groups Database (VOGDB) 是一个多层次数据库，通过序列相似性、序列谱比对和预测蛋白质结构逐步分组病毒基因，以进行更敏感的同源性搜索和进化关系分析。该数据库整合了原核和真核病毒，基于NCBI RefSeq数据源，每2个月更新一次，并使用triCOG算法进行聚类。