Figure S2. Cophylogeny analysis

Input files for generating maximum likelihood trees using RAxML:raxml -p $Seed -f a -x $Seed -s $infile -n $outfile -m GTRGAMMA -# 100\nCode and input files for generating cophylogeny for CH7BAC7 and MPG1.用于通过RAxML生成最大似然树（maximum likelihood tree）的输入文件：raxml -p $Seed -f a -x $Seed -s $infile -n $outfile -m GTRGAMMA -# 100 用于为CH7BAC7与MPG1生成协同系统发育（cophylogeny）的代码及输入文件。