GM_primary_files.zip
收藏Mendeley Data2024-01-31 更新2024-06-28 收录
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https://figshare.com/articles/dataset/GM_primary_files_zip/5404675
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资源简介：
GigaMUGA SNP data for the CC founder lines. The zip file contains the primary .RData files from ftp.jax.org/MUGA: GM_code: strain name -> genotype code (115 individuals)GM_geno: genotypes (markers x strains) as single-letter codes N,C,T,A,G,H (143259 x 115)GM_sex: sex of individuals (M/F)GM_snps: snps x info (marker, chr, pos, cM, A1, A2, type, ..., tier); chr = 1-19,X,Y,M,PGM_x, GM_y: x and y intensities, markers x strains
本数据集为CC创始品系的GigaMUGA单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）数据。该压缩包包含从ftp.jax.org/MUGA获取的核心.RData数据文件，具体如下：
GM_code：品系名称→基因型编码（覆盖115个个体）
GM_geno：基因型数据（标记数×品系数），采用单字母编码格式N、C、T、A、G、H，数据维度为143259×115
GM_sex：个体性别信息，取值为M（雄性）/F（雌性）
GM_snps：SNP注释数据集，维度为SNP数×注释字段，包含标记名称、染色体（chr）、物理位置（pos）、遗传图距（cM）、等位基因1（A1）、等位基因2（A2）、变异类型（type）、分层标签（tier）等字段；其中染色体（chr）的取值为1-19、X、Y、M、PGM_x。GM_x与GM_y分别为标记数×品系数的X、Y通道信号强度数据。
创建时间：
2024-01-31
