Datasets and additional data used in the paper: Michela Quadrini, Emanuela Merelli, and Luca Tesei (2025). “Abstractions for RNA Secondary Structure Analysis.”

Datasets and Additional DataThis repository contains the datasets and additional data used in the paper:
Michela Quadrini, Emanuela Merelli, and Luca Tesei (2025).
“Abstractions for RNA Secondary Structure Analysis.”
Folder: 5S_Ribosomal_RNAThis folder contains the data used for the experiment on 264 5S ribosomal RNA (5S rRNA) molecules from the CRW2 database.
Subfolder Molecules_DBN/
Contains the secondary structures of the 264 RNAs in dot-bracket notation.Subfolder Molecules_Abstractions_DBN/Shape/
Contains the computed Shape abstractions and a text file with the counts of different shapes.Subfolder Molecules_Abstractions_DBN/Core/
Contains the computed Core abstractions and a text file with the counts of different cores.Subfolder Molecules_Abstractions_DBN/Core_Plus/
Contains the computed Core Plus abstractions and a text file with the counts of different core-plus patterns.Folder: Pseudoknot_MotifsThis folder contains the data used for the experiment on 332 RNA pseudoknots from the Pseudobase++ database.
Molecules in dot-bracket notationSubfolder Molecules_DBN/Pseudoknot_H/
Contains the secondary structures of the 253 RNAs with H-type pseudoknots.Subfolder Molecules_DBN/Pseudoknot_HLout/
Contains the secondary structures of the 64 RNAs with HL_out-type pseudoknots.Subfolder Molecules_DBN/Pseudoknot_HLin/
Contains the secondary structures of the 4 RNAs with HL_in-type pseudoknots.Subfolder Molecules_DBN/Pseudoknot_LL/
Contains the secondary structures of the 11 RNAs with LL-type pseudoknots.Computed abstractionsSubfolder Molecules_Abstractions_DBN/Shape/
Contains the computed Shape abstractions and a text file with the counts of different shapes for each pseudoknot type (H, HL_out, HL_in, LL).Subfolder Molecules_Abstractions_DBN/Core/
Contains the computed Core abstractions and a text file with the counts of different cores for each pseudoknot type (H, HL_out, HL_in, LL).Subfolder Molecules_Abstractions_DBN/Core_Plus/
Contains the computed Core Plus abstractions and a text file with the counts of different core-plus patterns for each pseudoknot type (H, HL_out, HL_in, LL).

数据集与附加数据

本仓库包含2025年发表的论文《Abstractions for RNA Secondary Structure Analysis》（作者：Michela Quadrini、Emanuela Merelli及Luca Tesei）所使用的数据集与附加数据。

### 5S核糖体RNA（5S Ribosomal RNA）文件夹
本文件夹包含针对CRW2数据库中264条5S核糖体RNA（5S Ribosomal RNA, 5S rRNA）分子开展实验所用的数据。
- 子文件夹`Molecules_DBN/`：包含264条RNA的二级结构，以点括号表示法（dot-bracket notation, DBN）存储。
- 子文件夹`Molecules_Abstractions_DBN/Shape/`：包含计算得到的形状抽象（Shape abstraction），以及一份记录不同形状计数的文本文件。
- 子文件夹`Molecules_Abstractions_DBN/Core/`：包含计算得到的核心抽象（Core abstraction），以及一份记录不同核心模式计数的文本文件。
- 子文件夹`Molecules_Abstractions_DBN/Core_Plus/`：包含计算得到的核心加抽象（Core Plus abstraction），以及一份记录不同核心加模式计数的文本文件。

### 假结基序（Pseudoknot Motifs）文件夹
本文件夹包含针对Pseudobase++数据库中332条RNA假结开展实验所用的数据。

#### 点括号表示法存储的分子数据
- 子文件夹`Molecules_DBN/Pseudoknot_H/`：包含253条携带H型假结的RNA的二级结构。
- 子文件夹`Molecules_DBN/Pseudoknot_HLout/`：包含64条携带HL_out型假结的RNA的二级结构。
- 子文件夹`Molecules_DBN/Pseudoknot_HLin/`：包含4条携带HL_in型假结的RNA的二级结构。
- 子文件夹`Molecules_DBN/Pseudoknot_LL/`：包含11条携带LL型假结的RNA的二级结构。

#### 计算得到的抽象数据
- 子文件夹`Molecules_Abstractions_DBN/Shape/`：包含针对每种假结类型（H、HL_out、HL_in、LL）计算得到的形状抽象，以及一份记录各类形状计数的文本文件。
- 子文件夹`Molecules_Abstractions_DBN/Core/`：包含针对每种假结类型（H、HL_out、HL_in、LL）计算得到的核心抽象，以及一份记录各类核心模式计数的文本文件。
- 子文件夹`Molecules_Abstractions_DBN/Core_Plus/`：包含针对每种假结类型（H、HL_out、HL_in、LL）计算得到的核心加抽象，以及一份记录各类核心加模式计数的文本文件。