Vcf-to-dadi perl script

Demographic inferences (Figure S5a and b): Perl script that converts a vcf file including 2 or 3 pop with Ancestral Allele field (not necessary if folded) to a file for diffusion approximation demographic inference (dadi, Gutenkunst 2015, PLoS Genetics). Requires Bioperl, reference sequence fasta file, and variant file at VCF format (only with strains required for the analysis)

种群人口统计学推断（补充图S5a和S5b）：本Perl脚本可将包含2或3个种群且带有祖先等位基因字段的VCF（变异呼叫格式）文件转换为适用于扩散近似法种群推断（dadi，Gutenkunst等，2015年，《公共科学图书馆·遗传学》（PLoS Genetics））的输入文件；若采用折叠位点频率谱推断策略，则无需包含祖先等位基因字段。该脚本依赖Bioperl工具库、参考序列FASTA（快速序列比对格式）文件，以及仅包含分析所需菌株的VCF格式变异文件。