spat2013_gbs_snps
收藏DataONE2014-08-07 更新2024-06-27 收录
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GBS genotype matrix. Output from the institute for genomic diversity pipeline in tassel. Alignment to A. lyrata was conducted as follows: bwa aln -t 8 /local/genomes/public/arabidopsis/lyrata/Alyrata_107.fa.gz mergedtagcounts/arabidopsis_CSU_boechera.fastq.fq > arabidopsis_CSU_boechera.sai
bwa samse /local/genomes/public/arabidopsis/lyrata/Alyrata_107.fa.gz arabidopsis_CSU_boechera.sai mergedtagcounts/arabidopsis_CSU_boechera.fastq.fq > 1sam
GBS基因型矩阵（GBS genotype matrix）。本数据集为基因组多样性研究所基于TASSEL分析流程生成的输出结果。针对琴叶拟南芥（A. lyrata）的序列比对流程如下：
执行bwa aln命令，设置线程数为8，以/local/genomes/public/arabidopsis/lyrata/Alyrata_107.fa.gz为参考基因组序列，将mergedtagcounts/arabidopsis_CSU_boechera.fastq.fq作为输入测序数据，将比对结果重定向输出至arabidopsis_CSU_boechera.sai；
执行bwa samse命令，以/local/genomes/public/arabidopsis/lyrata/Alyrata_107.fa.gz为参考基因组，结合arabidopsis_CSU_boechera.sai与mergedtagcounts/arabidopsis_CSU_boechera.fastq.fq文件作为输入，将结果重定向输出至1sam。
创建时间：
2014-08-07
