Additional file 1 of Positive selection on rare variants of IGF1R and BRD4 underlying the cold adaptation of wild boar

Additional file 1: Table S1: Simplified core dataset . Table S2: Larger dataset . Table S3: Selective sweep method 1 based on diversity ratio and fixation index . Only the top 5% regions are shown. Table S4: Selective sweep method 2 based on diversity ratio and XP-CLR. Only the top 5% regions are shown.  Table S5: Selective sweep method 3 based on iHH12 based on top 1% SNPs. Table S6: Selective sweep method 4 based on HKA test based on top 1% SNPs. Table S7: Genes shared by three to four methods. Table S8: Gene functional enrichment for 305 genes shared by at least three methods. Table S9: Human Siberian populations selective signals based the report of Cardona et al. [3]. Table S10: Genotyping and group assignment for an intron variant in IGF1R  and an exonic variant in BRD4

附加文件1：表S1：简化核心数据集。表S2：大型数据集。表S3：基于多样性比率与固定指数的选择性清除方法1，仅展示前5%的基因组区域。表S4：基于多样性比率与XP-CLR的选择性清除方法2，仅展示前5%的基因组区域。表S5：基于前1%单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs）的iHH12统计量的选择性清除方法3。表S6：基于前1%单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs）的HKA检验的选择性清除方法4。表S7：三种至四种分析方法共有的基因。表S8：至少三种分析方法共有的305个基因的基因功能富集分析结果。表S9：基于Cardona等人[3]的研究报告的西伯利亚人群选择性清除信号。表S10：IGF1R基因内含子变异与BRD4基因外显子变异的基因分型及群体分组信息。