Mus musculus NOD/ShiLtJ

High confidence set 381 tRNAs decoding standard 20 AA 380 Selenocysteine tRNAs (TCA) 1 Notable atypical predictions Anticodon/isotype mismatch 12 Unexpected anticodons 2 Other tRNA-like predictions Primary filter (tRNAscan-SE pseudogenes) 33472 Secondary filter (low feature scores, possible rep. element) 4054 Tertiary filter (excessive isotype copies, possible rep. element) 3 Arg TCT 4 Leu CAA 4 Ile TAT 4 Tyr GTA 10 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ala AGC 14 GGC CGC 5 TGC 7 26 Gly ACC GCC 12 CCC 4 TCC 6 22 Pro AGG 6 GGG CGG 3 TGG 7 16 Thr AGT 9 GGT CGT 4 TGT 6 19 Val AAC 7 GAC CAC 11 TAC 3 21 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ser AGA 9 GGA CGA 3 TGA 3 ACT GCT 7 22 Arg ACG 6 GCG CCG 3 TCG 5 CCT 5 TCT 5 24 Leu AAG 5 GAG CAG 9 TAG 3 CAA 4 TAA 4 25 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Phe AAA GAA 7 7 Asn ATT GTT 14 14 Lys CTT 18 TTT 11 29 Asp ATC GTC 14 14 Glu CTC 10 TTC 7 17 His ATG GTG 10 10 Gln CTG 10 TTG 6 16 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ile AAT 11 GAT CAT TAT 4 15 iMet/Met CAT 9/8 17 Tyr ATA GTA 10 10 Supres TCA CTA TTA 0 Cys ACA GCA 49 49 Trp CCA 7 7 SelCys TCA 1 1

## 高置信度转运RNA（transfer RNA, tRNA）集合
本集合包含381条用于解码标准20种氨基酸的转运RNA，以及1条硒半胱氨酸tRNA（Selenocysteine tRNA, TCA）。

### 显著非典型预测结果
共包含12条反密码子/同工型错配预测、2条意外反密码子预测、2条类tRNA其他预测结果。

### 三级过滤流程
1. 一级过滤（基于tRNAscan-SE的假基因预测）：共筛选出33472条结果
2. 二级过滤（特征评分较低，疑似重复元件）：共筛选出4054条结果
3. 三级过滤（同工型拷贝数过多，疑似重复元件）：共筛选出3条结果

### 初始单型计数
精氨酸（Arg）TCT型4条，亮氨酸（Leu）CAA型4条，异亮氨酸（Ile）TAT型4条，酪氨酸（Tyr）GTA型10条。

### 按反密码子统计的tRNA同工型计数（总计）
1. 丙氨酸（Ala）：AGC对应14条，GGC、CGC对应5条，TGC对应7条，总计数26
2. 甘氨酸（Gly）：ACC对应12条，GCC，CCC对应4条，TCC对应6条，总计数22
3. 脯氨酸（Pro）：AGG对应6条，GGG、CGG对应3条，TGG对应7条，总计数16
4. 苏氨酸（Thr）：AGT对应9条，GGT、CGT对应4条，TGT对应6条，总计数19
5. 缬氨酸（Val）：AAC对应7条，GAC、CAC对应11条，TAC对应3条，总计数21
6. 丝氨酸（Ser）：AGA对应9条，GGA，CGA对应3条，TGA对应3条，ACT、GCT对应7条，总计数22
7. 精氨酸（Arg）：ACG对应6条，GCG，CCG对应3条，TCG对应5条，CCT对应5条，TCT对应5条，总计数24
8. 亮氨酸（Leu）：AAG对应5条，GAG，CAG对应9条，TAG对应3条，CAA对应4条，TAA对应4条，总计数25
9. 苯丙氨酸（Phe）：AAA对应7条，GAA对应7条，总计数14
10. 天冬酰胺（Asn）：ATT对应14条，GTT对应14条，总计数28
11. 赖氨酸（Lys）：CTT对应18条，TTT对应11条，总计数29
12. 天冬氨酸（Asp）：ATC对应14条，GTC对应14条，总计数28
13. 谷氨酸（Glu）：CTC对应10条，TTC对应7条，总计数17
14. 组氨酸（His）：ATG对应10条，GTG对应10条，总计数20
15. 谷氨酰胺（Gln）：CTG对应10条，TTG对应6条，总计数16
16. 异亮氨酸（Ile）：AAT对应11条，GAT、CAT，TAT对应4条，总计数15
17. 起始甲硫氨酸/甲硫氨酸（iMet/Met）：CAT型对应9/8条，总计数17
18. 酪氨酸（Tyr）：ATA对应10条，GTA对应10条，总计数20
19. 抑制型tRNA（Supres tRNA）：TCA、CTA、TTA型均为0条
20. 半胱氨酸（Cys）：ACA、GCA型各49条，总计数98
21. 色氨酸（Trp）：CCA型对应7条，总计数7
22. 硒半胱氨酸tRNA（SelCys tRNA）：TCA型对应1条