Additional file 1: of Genomics analysis of Aphanomyces spp. identifies a new class of oomycete effector associated with host adaptation

ST1. Genome features and annotations. 1a. Genome resources and nomenclature used in this study. 1b. BUSCO analysis. 1c. TE analysis. 1d. Orthology analysis (OrthoMCL) summary (nine oomycetes and Ae, Aa). 1e. OrthoMCL, group ID (11 oomycete proteomes). 1f. Ae, Aa: predicted secreted genes ID. 1g. Ae, Aa: GO analysis (secretome). 1h. Ae, Aa: specific secretomes analysis. 1i. CAZyome analysis. 1j. Fungal and oomycete pectate lyase sequences. 1k. CRN effectors predicted in Ae and Aa genomes. (XLSX 2962 kb)

ST1. 基因组特征与注释。
1a. 本研究使用的基因组资源及命名体系。
1b. BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）分析。
1c. 转座因子（Transposable Element, TE）分析。
1d. 直系同源分析（OrthoMCL）总结（涵盖9种卵菌及Ae、Aa两个物种）。
1e. OrthoMCL聚类组ID（基于11种卵菌蛋白质组）。
1f. Ae、Aa：预测分泌基因ID列表。
1g. Ae、Aa：分泌组基因本体（Gene Ontology, GO）分析。
1h. Ae、Aa：特异性分泌组分析。
1i. 碳水化合物活性酶组（Carbohydrate-Active enZYmes, CAZyome）分析。
1j. 真菌与卵菌果胶酸裂解酶序列。
1k. Ae与Aa基因组中预测的CRN（Crinkling and Necrosis）效应因子。
（XLSX 2962 KB）