SAVI-Space

This dataset was published as part of SAVI Space—combinatorial encoding of the billion-size synthetically accessible virtual inventory (Korn, M., Judson, P., Klein, R. et al.<em>,</em><em>Sci Data</em> (12) 1064, <strong>2025</strong>) and holds the combinatorial chemical fragment space of the Synthetically Accessible Virtual Inventory (SAVI) Database.<br>
The combinatorial fragment space is optimized for fast fingerprint similarity search with <strong>SpaceLight</strong> (Bellmann et al. <em>J. Chem. Inf. </em>460 Model. 61 <strong>2020</strong>), and for fast maximum-common-substructure search with <strong>SpaceMACS</strong> (Schmidt et al., <em>J. Chem. Inf. Model.</em> 62 (9) 2133–2150, <strong>2022</strong>), available at https://software.zbh.uni-hamburg.de.

Besides the chemical fragment space mimic the SAVI-Lib-2020 (SAVI-Space-2020-Librules) there is a updated version based on adapted rules called SAVI-Space-2020, and the Enamine Building Blocks (June 2024) called SAVI-Space-2024.<br>
Additional, the preprocessed building blocks of the SAVI-Space-2020-Librules and SAVI-Space-2020 are available.

The SAVI-Space-2020(SAVI-Lib-Rules) is available as Database file (SAVI-Space-2020-Librules.tfsdb) and can be opened with <code>SpaceLight</code> Version 1.2.3 available at https://software.zbh.uni-hamburg.de.

The SAVI-Space-2020 and SAVI-Space-2024 are available as space files (SAVI-Space-{2020,2024}.space) and can be opened with the <code>SpaceLightN</code> Version 1.3.0 and <code>SpaceMACS</code> Version 1.1.0 also available at https://software.zbh.uni-hamburg.de.<br>
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<strong>Note:</strong> <code>SpaceLight</code> and <code>SpaceLightN</code> refer to different versions of the tool.

<strong>ℹ Info:</strong> This version of <strong>SAVI-Space</strong> isn’t fully optimized for <strong>SpaceMACS</strong> and needs more RAM than usual. Please allocate <strong>at least 64 GB</strong> for a successful run.

本数据集作为SAVI空间（SAVI Space）的一部分发布——针对十亿级可合成获取虚拟库存的组合编码（Korn, M., Judson, P., Klein, R. 等人，《科学数据》(Sci Data) 12卷，1064页，2025年），其包含可合成获取虚拟库存（Synthetically Accessible Virtual Inventory, SAVI）数据库的组合化学片段空间。
该组合片段空间针对使用SpaceLight（Bellmann等人，《化学信息学与建模杂志》(J. Chem. Inf. Model.) 61卷，460页，2020年）实现快速指纹相似度搜索，以及使用SpaceMACS（Schmidt等人，《化学信息学与建模杂志》(J. Chem. Inf. Model.) 62卷第9期，2133–2150页，2022年）实现快速最大公共子结构搜索进行了优化，相关工具可从https://software.zbh.uni-hamburg.de获取。
除复刻SAVI-Lib-2020（即SAVI-Space-2020-Librules）的化学片段空间外，还有基于改进规则的更新版本SAVI-Space-2020，以及以2024年6月Enamine构建块（Enamine Building Blocks）为基础的SAVI-Space-2024。
此外，还提供了SAVI-Space-2020-Librules与SAVI-Space-2020的预处理构建块文件。
SAVI-Space-2020（即SAVI-Lib-Rules）以数据库文件（SAVI-Space-2020-Librules.tfsdb）形式提供，可使用可从https://software.zbh.uni-hamburg.de获取的SpaceLight 1.2.3版本打开。
SAVI-Space-2020与SAVI-Space-2024以空间文件（SAVI-Space-{2020,2024}.space）形式提供，可使用同样可从https://software.zbh.uni-hamburg.de获取的SpaceLightN 1.3.0版本与SpaceMACS 1.1.0版本打开。
注意：SpaceLight与SpaceLightN为该工具的不同版本。
ℹ 提示：本版本的SAVI空间（SAVI-Space）并未针对SpaceMACS完成完全优化，所需内存高于常规水平，请为成功运行分配至少64GB的内存。