Additional file 1: of Whole genome annotation and comparative genomic analyses of bio-control fungus Purpureocillium lilacinum

Table S1. Statistics of the completeness of the genome based on 248 CEGs. Table S2. Genome size and the number of protein-coding genes in P. lilacinum and the other Hypocreales fungi. Table S3. Repeat elements in the draft genome sequence of P. lilacinum. Table S4. Total number of genes sharing homology with PHI db in the 10 Hypocreales genomes. Table S5. Fisher’s exact test for evaluation of difference in genetic make-up between P. lilacinum and P. chlamydosporia. Table S6. Gene coding for secreted proteins sharing homology with PHI db. Table S7. GPCRs sharing homology with Pth11-like GPCRs in P. lilacinum. Table S8. Genes coding for GPCRs, Histidine kinases, protein kinases, ABC transporters, MFS and CYP450 proteins in P. lilacinum. Table S9. Genes coding for proteases in the P. lilacinum genome. Table S10. Gene coding for serine proteases with homologs in the PHI db. Table S11. Carbohydrate-degrading enzymes arranged by GH family. Table S12. Carbohydrate esterases arranged by CE family. Table S13. Glycosides hydrolase and carbohydrate esterase genes sharing homology with PHI db. Table S14. Secondary metabolites genes and clusters identified by SMURF. Table S15. AntiSMASH based functional annotation of secondary metabolite clusters. Table S16. NaPDoS analysis to detect condensation (C) and ketosynthase (KS) domains. TableS 17. Primer sequences for quantitative real-time PCR analyses. Figure S1. k-mer analysis to predict assembly size of P. lilacinum. (ZIP 201 kb)

附表S1：基于248个核心真核基因（Core Eukaryotic Genes, CEGs）的基因组完整度统计。
附表S2：淡紫拟青霉（P. lilacinum）及其他肉座菌目（Hypocreales）真菌的基因组大小与蛋白编码基因数量。
附表S3：淡紫拟青霉草图基因组序列中的重复序列元件。
附表S4：10个肉座菌目基因组中与病原菌-宿主互作数据库（Pathogen-Host Interaction database, PHI db）同源的基因总数。
附表S5：用于评估淡紫拟青霉与厚垣孢子拟青霉（P. chlamydosporia）遗传组成差异的Fisher精确检验结果。
附表S6：与PHI数据库同源的分泌蛋白编码基因。
附表S7：淡紫拟青霉中与Pth11类G蛋白偶联受体（G Protein-Coupled Receptors, GPCRs）同源的GPCR序列。
附表S8：淡紫拟青霉中编码G蛋白偶联受体、组氨酸激酶、蛋白激酶、ATP结合盒转运蛋白（ATP-binding cassette transporters, ABC transporters）、主要促进因子超家族（Major Facilitator Superfamily, MFS）及细胞色素P450（Cytochrome P450, CYP450）的基因集。
附表S9：淡紫拟青霉基因组中编码蛋白酶的基因。
附表S10：在PHI数据库中存在同源序列的丝氨酸蛋白酶编码基因。
附表S11：按糖苷水解酶（Glycoside Hydrolase, GH）家族分类的碳水化合物降解酶。
附表S12：按碳水化合物酯酶（Carbohydrate Esterase, CE）家族分类的碳水化合物酯酶。
附表S13：与PHI数据库同源的糖苷水解酶及碳水化合物酯酶编码基因。
附表S14：通过SMURF软件鉴定的次级代谢产物编码基因及基因簇。
附表S15：基于AntiSMASH软件的次级代谢物基因簇功能注释结果。
附表S16：通过NaPDoS软件检测缩合结构域（Condensation domain, C）和酮合酶结构域（Ketosynthase, KS）的分析结果。
附表S17：定量实时PCR分析所用的引物序列。
图S1：用于预测淡紫拟青霉组装基因组大小的k-mer分析结果（ZIP 201 KB）