Manual organelle segmentations (crop348) in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of mouse liver acinus (jrc_mus-liver-zon-1)

This acquisition is part of the CellMap 2024 Segmentation ChallengeChallenge DOI: https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966Challenge Website: https://cellmapchallenge.janelia.org/Annotation description: Dense segmentations of lipid droplet in jrc_mus-liver-zon-1 using Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom and the 'Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3' annotation protocol.Annotation ID: crop348Primary Annotator: Diana RamirezAnnotation protocol: Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3 (http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3)Software: Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation WorkroomAnnotated voxel size (nm): 32 x 32 x 32 (x, y, z)Annotated data dimensions (µm): 19.2 x 12.8 x 12.8 (x, y, z)Annotated data offset (nm): 95404 x 65932 x 167212 (x, y, z)Classes annotated: lipid dropletDataset URL: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver-zon-1/jrc_mus-liver-zon-1.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop348Source (EM) dataset ID: jrc_mus-liver-zon-1Source (EM) voxel size (nm): 8 x 8 x 8 (x, y, z)Source (EM) data dimensions (µm): 397.16 x 171.61 x 188.81 (x, y, z)Source (EM) DOI: https://doi.org/10.25378/janelia.24128700Visualization website: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver-zon-1Publication: CellMap Segmentation Challenge, 2024.The CellMap Project Team during this time consisted of: David Ackerman, Davis Bennett, Marley Bryant, Hannah Nguyen, Grace Park, Alyson Petruncio, Alannah Post, Jacquelyn Price, Diana Ramirez, Jeff Rhoades, Rebecca Vorimo, Aubrey Weigel, Marwan Zouinkhi, Yurii Zubov.The CellMap Project Team Steering Committee during this time consisted of: Misha Ahrens, Christopher Beck, Teng-Leong Chew, Daniel Feliciano, Jan Funke, Harald Hess, Wyatt Korff, Jennifer Lippincott-Schwartz, Zhe J. Liu, Kayvon Pedram, Stephan Preibisch, Stephan Saalfeld, Ronald Vale, and Aubrey Weigel.

本数据集隶属于CellMap 2024图像分割挑战赛（CellMap 2024 Segmentation Challenge）。挑战赛数字对象标识符（Digital Object Identifier, DOI）：https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966
挑战赛官网：https://cellmapchallenge.janelia.org/
标注说明：使用Amira 3D 2021.1、经典分割工作间（Classic Segmentation Workroom）以及《用于机器学习的体电子显微镜（volume electron microscopy, vEM）细胞器手动分割 V.3》标注流程，对jrc_mus-liver-zon-1样本中的脂滴（lipid droplet）进行密集分割。
标注ID：crop348
标注人员：戴安娜·拉米雷斯（Diana Ramirez）
标注流程：《用于机器学习的体电子显微镜细胞器手动分割 V.3》（http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3）
所用软件：Amira 3D 2021.1、经典分割工作间
标注体素尺寸（纳米）：32 × 32 × 32（x、y、z轴）
标注数据维度（微米）：19.2 × 12.8 × 12.8（x、y、z轴）
标注数据偏移量（纳米）：95404 × 65932 × 167212（x、y、z轴）
标注类别：脂滴
数据集URL：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver-zon-1/jrc_mus-liver-zon-1.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop348
源电子显微镜数据集ID：jrc_mus-liver-zon-1
源电子显微镜体素尺寸（纳米）：8 × 8 × 8（x、y、z轴）
源电子显微镜数据维度（微米）：397.16 × 171.61 × 188.81（x、y、z轴）
源电子显微镜数据集DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.24128700
可视化官网：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver-zon-1
相关出版物：CellMap Segmentation Challenge, 2024
本项目期间CellMap团队成员包括：大卫·阿克曼（David Ackerman）、戴维斯·贝内特（Davis Bennett）、马利·布莱恩特（Marley Bryant）、汉娜·阮（Hannah Nguyen）、格蕾丝·帕克（Grace Park）、艾莉森·彼得伦西奥（Alyson Petruncio）、阿拉娜·波斯特（Alannah Post）、杰奎琳·普莱斯（Jacquelyn Price）、戴安娜·拉米雷斯（Diana Ramirez）、杰夫·罗兹（Jeff Rhoades）、丽贝卡·沃里莫（Rebecca Vorimo）、奥布里·韦格尔（Aubrey Weigel）、马尔万·祖因基（Marwan Zouinkhi）、尤里·祖波夫（Yurii Zubov）。
同期CellMap项目指导委员会成员包括：米沙·阿伦斯（Misha Ahrens）、克里斯托弗·贝克（Christopher Beck）、周腾良（Teng-Leong Chew）、丹尼尔·费利西亚诺（Daniel Feliciano）、扬·丰克（Jan Funke）、哈拉尔德·赫斯（Harald Hess）、怀亚特·科夫（Wyatt Korff）、珍妮弗·利平科特-施瓦茨（Jennifer Lippincott-Schwartz）、刘哲（Zhe J. Liu）、凯冯·佩德达姆（Kayvon Pedram）、斯蒂芬·普赖比斯奇（Stephan Preibisch）、斯蒂芬·萨尔费尔德（Stephan Saalfeld）、罗纳德·瓦尔（Ronald Vale）、奥布里·韦格尔（Aubrey Weigel）。