Candidate genes for UV floral patterning
收藏DataONE2017-05-03 更新2024-06-26 收录
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资源简介:
List of candidate genes under the four proportional UV pigmentation QTL matched against the Arabidopsis thaliana TAIR10 protein database using blastp (e < e-20; Lamesch et al., 2011). Filtered specifically for proteins with WD or bHLH functional domains or part of the MYB or UDP-glycotransferase families. Column headers: which (filtered functional category), HaName (id of Helianthus annuus mRNA), AtName (best Arabidopsis thaliana hit), evalue (match value), chr (Helianthus annuus chromosome number), program (maker for this analysis), type (all genes in this analysis), start (start of gene in basepairs), end (end of gene in basepairs), score (NA), strand (+ or -), phase (NA), ID (internal id), Name (internal name), followed by functional annotation of that protein.
本数据集为4个比例型UV色素沉着数量性状位点(quantitative trait locus, QTL)所对应的候选基因列表,通过blastp比对匹配至拟南芥(Arabidopsis thaliana)TAIR10蛋白质数据库,比对阈值设置为e值<e-20(Lamesch等人,2011)。筛选规则限定为:蛋白质带有WD或bHLH功能结构域,或属于MYB家族、UDP-糖基转移酶(UDP-glycotransferase)家族。各列字段说明如下:which(筛选得到的功能类别)、HaName(向日葵(Helianthus annuus)mRNA的标识符)、AtName(拟南芥的最佳比对匹配序列)、evalue(比对期望值)、chr(向日葵染色体编号)、program(本次分析所用工具为maker)、type(本次分析涵盖的全部基因)、start(基因起始碱基对位置)、end(基因终止碱基对位置)、score(无有效数值,NA)、strand(基因链方向,+或-)、phase(无有效数值,NA)、ID(内部编号)、Name(内部名称),后续列则为该蛋白质的功能注释信息。
创建时间:
2017-05-03



