Daucus_glochidiatus_285038

Bam file containing all reads that mapped to individual plastid reference. This reference contains only 1 inverted repeat.

Commands used to create bam file is as follows:
bwa mem -a -M -t 8 -R "@RG\tID:Accession\tLB:barcode\tPL:illumina\tSM:accession_number\tPI:350" reference.fa fastq1 fastq2 | awk '$3 != "*"' >name.sam
samtools view -bt reference.fa.fai -o name.bam name.sam
samtools sort name.bam name.s
samtools view -b -q 30 -f 2 name.s.bam >name.sq.bam
samtools index name.sq.bam
java -Xmx4g -jar /usr/local/bin/picard-tools/picard.jar MarkDuplicates I=name.sq.bam M=metrics.name.txt TMP_DIR=/tmp MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=900 O=Final.bam

bwa version 0.7.15-r1140
samtools version 0.1.19-44428cd
java version 1.8.0_111
picard version 2.7.1

本BAM文件（Binary Alignment Map）包含所有比对至单份质体参考序列的测序读段（reads）。该参考序列仅包含1个反向重复序列（inverted repeat）。
生成该BAM文件所用的命令及流程说明如下：
1. 使用bwa mem工具进行序列比对，参数依次为：-a（输出所有比对结果）、-M（将较短的比对分割为次级比对）、-t 8（启用8个计算线程）、-R 追加读段组注释：@RG ID:Accession LB:barcode PL:illumina SM:accession_number PI:350，参考序列文件为reference.fa，输入测序数据为fastq1和fastq2；将比对结果通过awk过滤，剔除未比对的读段（即参考序列字段为*的行），并将结果输出至name.sam文件：
bwa mem -a -M -t 8 -R "@RG ID:Accession LB:barcode PL:illumina SM:accession_number PI:350" reference.fa fastq1 fastq2 | awk '$3 != "*"' >name.sam
2. 使用samtools view工具，基于参考序列索引文件reference.fa.fai，将name.sam转换为BAM格式并输出为name.bam：
samtools view -bt reference.fa.fai -o name.bam name.sam
3. 使用samtools sort工具对name.bam进行排序，输出为name.s.bam：
samtools sort name.bam name.s
4. 使用samtools view工具提取比对质量值≥30且为正确配对的读段，输出为name.sq.bam：
samtools view -b -q 30 -f 2 name.s.bam >name.sq.bam
5. 使用samtools index工具为name.sq.bam构建索引文件：
samtools index name.sq.bam
6. 通过Java调用Picard工具的MarkDuplicates模块，分配最大4GB内存，去除PCR重复，输入文件为name.sq.bam，去重统计指标输出至metrics.name.txt，临时目录设置为/tmp，最大文件句柄数设为900，最终输出去重后的BAM文件Final.bam：
java -Xmx4g -jar /usr/local/bin/picard-tools/picard.jar MarkDuplicates I=name.sq.bam M=metrics.name.txt TMP_DIR=/tmp MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=900 O=Final.bam

所用工具版本信息如下：
bwa版本：0.7.15-r1140
samtools版本：0.1.19-44428cd
Java版本：1.8.0_111
Picard版本：2.7.1