The Cancer Immunome Atlas

The Cancer Immunome Database (TCIA) provides results of comprehensive immunogenomic analyses of next generation sequencing data (NGS) data for 20 solid cancers from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and other datasource. The Cancer Immunome Atlas (TCIA) was developed and is maintained at the Division of Bioinformatics (ICBI). The database can be queried for the gene expression of specific immune-related gene sets, cellular composition of immune infiltrates (characterized using gene set enrichment analyses and deconvolution), neoantigens and cancer-germline antigens, HLA types, and tumor heterogeneity (estimated from cancer cell fractions). Moreover it provides survival analyses for different types immunological parameters. TCIA will be constantly updated with new data and results.

癌症免疫组数据库（TCIA）提供了来自癌症基因组图谱（TCGA）及其他数据源20种实体癌症的下一代测序数据（NGS）的综合免疫基因组分析结果。该数据库由生物信息学部（ICBI）开发并维护。用户可查询特定免疫相关基因集的基因表达、免疫浸润的细胞组成（通过基因集富集分析和解卷积进行表征）、新抗原和癌症胚系抗原、HLA类型以及肿瘤异质性（从癌细胞比例估计得出）。此外，它还提供了不同免疫学参数的生存分析。TCIA将持续更新，以包含新的数据和结果。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

The Cancer Immunome Atlas（TCIA）是一个专注于癌症免疫组学分析的数据库，提供20种实体癌症的下一代测序数据的全面免疫基因组学分析结果，包括基因表达、免疫浸润组成、抗原信息等。该数据集由因斯布鲁克医科大学生物信息学部门维护，支持开放访问，但也包含部分受限数据。