Analiza struktur mózgu u pacjentów z zespołem Ushera przeprowadzona za pomocą rezonansu magnetycznego o natężeniu pola 7 tesli

Do badania włączono dwudziestu pacjentów z rozpoznaniem zespołu Ushera (USH) oraz piętnastu zdrowych ochotników dopasowanych pod względem wieku i płci. Wszyscy pacjenci zostali poddani badaniu MRI mózgu o natężeniu pola 7 tesli w dwóch sekwencjach: sekwencji 3D BRAVO z obrazowaniem T1 oraz sekwencji 3D SILENT z obrazowaniem MT.Dane zostały uzyskane przy użyciu skanera MRI 7T Discovery MR950 (GE Healthcare, Chicago, IL, USA).Zbiór obejmuje dane dwóch przykładowych uczestników:sub_358sub_359Wszystkie pliki zostały poddane anonimizacji poprzez usunięcie danych identyfikujących.Dane zostały zorganizowane w jednym archiwum ZIP zawierającym foldery odpowiadające poszczególnym uczestnikom:sub_358sub_359Każdy folder zawiera dwie sekwencje obrazowe w oddzielnych podfolderach:seq_t1w: T1-weighted (Ax BRAVO)180 warstw. Trójwymiarowa sekwencja anatomiczna o wysokiej rozdzielczości przeznaczona do analiz anatomicznych i morfometrycznych.seq_mt: Magnetization Transfer (Silent7T MT)224 warstwy. Sekwencja wykorzystująca zjawisko transferu magnetyzacji, zwiększająca czułość na właściwości mikrostrukturalne tkanek.Łącznie zbiór zawiera 808 plików DICOM (.dcm), po 404 pliki na uczestnika (180 dla seq_t1w + 224 dla seq_mt).Każdy plik został nazwany zgodnie z jednolitą konwencją:sub__seq__slice_.dcmgdzie:subject – identyfikator uczestnika (np. sub_380)sequence – typ sekwencji obrazowania (T1-weighted lub Magnetization Transfer)slice number – numer warstwy obrazuDane udostępnione są w formacie DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) – międzynarodowym standardzie zapisu i wymiany obrazów medycznych, stanowią oryginalne pliki bez konwersji i kompresji stratnej.Każda sekwencja stanowi odrębną serię DICOM zawierającą komplet warstw umożliwiających rekonstrukcję trójwymiarowej objętości. Pliki zawierają zarówno dane obrazowe, jak i pełne metadane akwizycji (m.in. TR, TE, flip angle, rozdzielczość przestrzenną).Format DICOM jest standardem otwartym i szeroko wspieranym przez oprogramowanie badawcze i kliniczne. Dane mogą być bezpośrednio przeglądane w przeglądarkach DICOM, konwertowane do formatu NIfTI (.nii/.nii.gz) oraz wykorzystywane w środowiskach analizy neuroobrazowej. Oprogramowanie open source obsługujące format DICOM obejmuje m.in. 3D Slicer, dcm2niix oraz FSL.