Additional files for Drivers of the temporal dynamics of social bee viromes

This folder contains:the plant-insect interactions recorded for the three time points of April (1), June (2) and August (3) 2016, from which we calculated the Horn-Morisita niche dissimilarity indices.the insect virus normalized read numbers matrices between our focal 5 bee species (<i>Apis mellifera</i>, <i>Bombus</i><i> </i><i>terrestris</i>, <i>Bombus lapidarius</i>, <i>Bombus hortorum</i> and <i>Bombus pascuorum</i>), from which we calculated the virome dissimilarity indices for the three time points. VirINS files for insect viruses, number 1 for April, 2 for June, 3 for August.the plant virus normalized read numbers matrices between our focal 5 bee species (<i>Apis mellifera</i>, <i>Bombus</i><i> </i><i>terrestris</i>, <i>Bombus lapidarius</i>, <i>Bombus hortorum</i> and <i>Bombus pascuorum</i>), from which we calculated the virome dissimilarity indices for the three time points. VirPLANT files for insect viruses, number 1 for April, 2 for June, 3 for August.the mitochondrial gene COI sequence alignment for the 5 bee species.the R script used to test the effect of host ecological niche dissimilarity (Horn-Morisita), the host phylogenetic distance (using DNADist method to calculate the nucleotide distance between aligned sequences) and phenology (time points) on virome dissimilarity.Data (files 'ApisFromsiRNA', 'ApisMetaTrans', 'BombusFromsiRNA', and 'BombusMetaTrans'), and scripts to generate the Venn diagram showing overlap in virus composition between honeybees and bumblebees, and between meta-transcriptomes and small-RNA sequencing.Output files of small RNA sequences screen for viral reads, using CoverM and the same viral assembly targets as for meta-transcriptomes (text file names starting with 'covread_small*). Number 1 for April, 2 for June, 3 for August.17 individual meta-transcriptome library output files from virus screening with CoverM (text files with libary names). Number 1 for April, 2 for June, 3 for August.One table that provides the final names of viral assemblies used in the article (file named 'reference names viruses').The list of viral assemblies in FAS format (file named 'Viral assemblies for mapping').One data table with compiled and normalized (by viral target sequence length and transcriptome depth) read numbers for each viral target and libraries (file named 'Normalized Log Viromes').A text file (named 'BeeViromeRscript') shows the R script used to perform the analyses, including heat maps, PERMANOVA and NMDS plots.The datasets for both meta-transcriptomes (names 'NormalizedNumberReadsMetaTrans') and small RNA sequences (named 'NormalizedNumberReadssiRNA'), including for both normalized read numbers for each viral targets and libraries, including taxonomic classification of viruses (named 'NormalizedNumberReadsMetaTrans_withTAXA'), A text file with the R scripts to generate the bipartite networks, perform network modularity analyses and calculate diversity metrics (named 'BeeViromeBipartiteNetworks').

本文件夹包含2016年4月（采样点1）、6月（采样点2）与8月（采样点3）三个时间点记录的植物-昆虫互作数据，基于该数据我们计算了Horn-Morisita生态位分化指数（Horn-Morisita niche dissimilarity indices）。
针对5种目标蜂类——西方蜜蜂（<i>Apis mellifera</i>）、陆地熊蜂（<i>Bombus terrestris</i>）、红带熊蜂（<i>Bombus lapidarius</i>）、花坛熊蜂（<i>Bombus hortorum</i>）与普通熊蜂（<i>Bombus pascuorum</i>）的昆虫病毒标准化读段数矩阵，基于该矩阵我们计算了三个时间点的病毒组（virome）分化指数；对应文件为VirINS（昆虫病毒专用），其中1号文件对应4月样本，2号对应6月样本，3号对应8月样本。
针对上述5种目标蜂类的植物病毒标准化读段数矩阵，基于该矩阵我们同样计算了三个时间点的病毒组分化指数；对应文件为VirPLANT（植物病毒专用），其中1号文件对应4月样本，2号对应6月样本，3号对应8月样本。
包含5种蜂类的线粒体基因COI序列比对文件。
另有用于检验宿主生态位分化程度（Horn-Morisita指数）、宿主系统发育距离（采用DNADist方法计算比对序列间的核苷酸距离）以及物候（采样时间点）对病毒组分化影响的R脚本，配套数据文件包括'ApisFromsiRNA'、'ApisMetaTrans'、'BombusFromsiRNA'与'BombusMetaTrans'；同时包含用于绘制韦恩图的脚本，可展示西方蜜蜂与熊蜂间、宏转录组与小RNA测序间的病毒组成重叠情况。
基于CoverM工具、以宏转录组分析所用病毒组装集为靶标开展病毒读段筛选的小RNA序列输出文件（文件名前缀为'covread_small*'），其中1号文件对应4月样本，2号对应6月样本，3号对应8月样本。
包含17份经CoverM完成病毒筛选的个体宏转录组文库输出文件（文件名包含文库名称），其中1号文件对应4月样本，2号对应6月样本，3号对应8月样本。
包含本文所用病毒组装集最终命名表的文件（文件名为'reference names viruses'）。
包含FAS格式的病毒组装集列表（文件名为'Viral assemblies for mapping'）。
包含整合并标准化（按病毒靶标序列长度与转录组测序深度完成标准化）的各病毒靶标与各文库读段数的数据表（文件名为'Normalized Log Viromes'）。
名为'BeeViromeRscript'的文本文件，内含用于执行各类分析的R脚本，包括热图绘制、置换多元方差分析（PERMANOVA）与非度量多维标度（NMDS）绘图。
包含宏转录组数据集（命名为'NormalizedNumberReadsMetaTrans'）与小RNA序列数据集（命名为'NormalizedNumberReadssiRNA'），两类数据集均包含各病毒靶标与各文库的标准化读段数信息，其中带病毒分类学注释的宏转录组数据集命名为'NormalizedNumberReadsMetaTrans_withTAXA'；另有名为'BeeViromeBipartiteNetworks'的文本文件，内含用于生成二分网络、执行网络模块化分析及计算多样性指标的R脚本。