Transcriptome - Sphaerothecum destruens (rosette agent)

Reads are deposited in NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX737879<br><br> Assembly in-home BGI to obtain Unigene (contigs)- ORF prediction using TransDecoder (Trinity plugin) and PfamScan to obtain coding sequences (CDS files) from transcripts (mRNA)- Protein translations are included (pep)<br>- clean.fasta: Assembly cleaned from cross-contamination of other species multiplexed (Corallochytrium limacisporum India, Ichthyophonus hoferi and Nutomonas longa) after applying CroCo V0.1.1 (Simion et al. in prep). It may contain bacterial contamination.<br><br><strong>Guifré Torruella, Alex de Mendoza, Xavier Grau-Bové, Meritxell Antó, </strong>Mark A. Chaplin<strong>, Javier del Campo, </strong>Laura Eme, Gregorio Pérez-Cordón, Christopher M. Whipps, Krista M. Nichols, Richard Paley, Andrew J. Roger, Ariadna Sitjà-Bobadilla, Stuart Donachie,<strong> and Iñaki Ruiz-Trillo. </strong>(2015)<br><em>Phylogenomics reveals convergent evolution of lifestyles in close relatives of animals and fungi.</em><br><strong><em>Current Biology </em></strong>25(18):2404-10.<br><br>www.multicellgenome.com

测序读段（Reads）已提交至NCBI数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX737879<br><br>本数据集由华大基因（BGI）自主完成组内组装，以获取单基因（Unigene，即重叠群contigs）；利用TransDecoder（Trinity插件）与PfamScan进行开放阅读框（ORF）预测，从转录本（mRNA）中获取编码序列（CDS文件）；同时包含蛋白质翻译结果（pep）<br>- clean.fasta：经CroCo V0.1.1工具（Simion等，待发表）处理后，已去除多重混样的其他物种交叉污染（包括印度珊瑚壶菌*Corallochytrium limacisporum*、霍氏鱼孢菌*Ichthyophonus hoferi*与长形*Nutomonas longa*）的组装序列文件；该文件仍可能残留细菌污染。<br><br>**吉夫雷·托鲁埃拉（Guifré Torruella）、亚历克斯·德·门多萨（Alex de Mendoza）、泽维尔·格劳-博夫（Xavier Grau-Bové）、梅里特塞尔·安托（Meritxell Antó）、马克·A·查普林（Mark A. Chaplin）、哈维尔·德尔·坎波（Javier del Campo）、劳拉·埃梅（Laura Eme）、格雷戈里奥·佩雷斯-科尔多瓦（Gregorio Pérez-Cordón）、克里斯托弗·M·威普斯（Christopher M. Whipps）、克里斯塔·M·尼科尔斯（Krista M. Nichols）、理查德·佩利（Richard Paley）、安德鲁·J·罗杰（Andrew J. Roger）、阿里阿德娜·西特哈-博巴迪利亚（Ariadna Sitjà-Bobadilla）、斯图尔特·多纳奇（Stuart Donachie）与伊尼亚基·鲁伊斯-特里略（Iñaki Ruiz-Trillo）**（2015）<br><em>《系统发育组学揭示动物与真菌近缘类群生活方式的趋同演化》</em><br><strong><em>《当代生物学（Current Biology）》</em></strong>25(18):2404-10.<br><br>www.multicellgenome.com