CS-IAAS_v1.1

A complete bread wheat telomere-to-telomere genome provides insights into the evolution, transcriptome, and proteome of a hexaploid genome Peking University Institute of Advanced Agricultural Sciences, Complete assemblies of huge and complex plant genomes remain a challenge, and the hexaploid wheat genome stands as the most difficult one among staple food crop genomes. Here, we present CS-IAAS, a comprehensive telomere-to-telomere (T2T) gap-free Triticum aestivumL. reference genome, encompassing 14.51 billion base pairs and featuring all 21 centromeres and 42 telomeres. ## The genome sequence of Triticum aestivum cv. Chinese Spring CS-IAAS_v1.1.zip ## Annotation of CS-IAAS_v1.1 All gene structure are in GFF format for both High Confidence and Low Confidence genes. CS-IAAS_v1.1_annotation.zip ## TE Annotation of CS-IAAS_v1.1 TE_v1.1.gff3 Code/Software Packages involved in data analysis pipelines are listed in the Methods. The code used for assembly and evaluation is available on GitHub at: https://github.com/liushoucheng/SPART.

完整面包小麦端粒到端粒基因组为六倍体基因组的进化、转录组与蛋白质组研究提供全新视角。本研究由北京大学现代农业研究院开展，庞大且复杂的植物基因组完整组装仍是领域内的核心挑战，而六倍体小麦基因组更是主粮作物基因组中难度最高的研究对象。本研究公开了CS-IAAS——一款完备的端粒到端粒（T2T）无间隙普通小麦（*Triticum aestivum* L.）参考基因组，其组装总长达145.1亿碱基对，覆盖全部21个着丝粒与42个端粒。
## 普通小麦中国春品种基因组序列（*Triticum aestivum* cv. Chinese Spring）：CS-IAAS_v1.1.zip ##
## CS-IAAS_v1.1基因注释 ## 高置信度与低置信度基因的基因结构均采用GFF格式存储，相关注释打包为CS-IAAS_v1.1_annotation.zip。
## CS-IAAS_v1.1转座因子（Transposable Element, TE）注释 ## 注释文件为TE_v1.1.gff3。
数据分析流程所涉及的代码与软件包详见研究方法部分。用于基因组组装与评估的代码已开源至GitHub平台，开源地址为：https://github.com/liushoucheng/SPART.

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

CS-IAAS_v1.1是一个完整的六倍体小麦端粒到端粒无间隙参考基因组数据集，大小为145.1亿碱基对，包含所有着丝粒和端粒结构。该数据集提供了基因组序列、基因注释和转座元件注释文件，旨在支持小麦进化、转录组和蛋白质组学研究。