Additional file 1 of Comparative genomics reveals molecular mechanisms underlying health and reproduction in cryptorchid mammals

Additional file 1: Table S1. Thirty representative mammals in the present study and their testicular positions. Table S2. The information of 5333 genes. Table S3. Lists of cryptorchidism, spermatogenesis and different sperm function-related genes. Table S4. Genes evolved associated with different testicular positions (p-value.all < 0.05). Table S5. Genes evolved associated with different testicular positions (p-value.max < 0.05). Table S6. GO enrichment of 180 testicular position-associated genes with Metascape. Table S7. KEGG disease enrichment of 180 testicular position-associated genes with KOBAS. Table S8. GO enrichment of 654 testicular position-associated genes with metascape. Table S9. KEGG enrichment of 654 testicular position-associated genes with metascape. Table S10. UDT mammal-specific amino acid substitutions. Table S11. PSGs in ascrotal mammals. Table S12. KEGG and reactome pathway enrichment of 71 PSGs in ascrotal mammals.

附加文件1：表S1 本研究纳入的30种代表性哺乳动物及其睾丸位置。
表S2：5333个基因的相关信息。
表S3：隐睾症、精子发生及不同精子功能相关基因列表。
表S4：与不同睾丸位置相关的进化基因（p-value.all < 0.05）。
表S5：与不同睾丸位置相关的进化基因（p-value.max < 0.05）。
表S6：利用Metascape对180个睾丸位置相关基因进行基因本体（Gene Ontology）富集分析结果。
表S7：利用KOBAS对180个睾丸位置相关基因进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）疾病富集分析结果。
表S8：利用Metascape对654个睾丸位置相关基因进行GO富集分析结果。
表S9：利用Metascape对654个睾丸位置相关基因进行KEGG富集分析结果。
表S10：未下降睾丸（undescended testis，UDT）相关的哺乳动物特异性氨基酸替换信息。
表S11：阴囊外哺乳动物的正选择基因（positively selected genes，PSGs）。
表S12：对71个阴囊外哺乳动物的正选择基因进行KEGG与Reactome通路富集分析结果。