Manual organelle segmentations (crop199) in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of (jrc_ut21-1413-003)

<b>This acquisition is part of the CellMap 2024 Segmentation Challenge</b><br><br>- <b>Challenge DOI:</b> https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966<br><br>- <b>Challenge Website:</b> https://cellmapchallenge.janelia.org/<br><br><b>Annotation description</b>: Dense segmentations of mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, mitochondrial ribosome, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lysosome lumen, lysosome membrane, endosome lumen, cytosol, lysosome, endosome, vesicle, mitochondria, endoplasmic reticulum, cell, endoplasmic reticulum membrane collective in jrc_ut21-1413-003 using Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom and the 'Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3' annotation protocol.<br><br><b>Annotation ID</b>: crop199<br><br><b>Primary Annotator</b>: Alyson Petruncio<br><br><b>Annotation protocol</b>: Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3 (http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3)<br><br><b>Software</b>: Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom<br><br><b>Annotated voxel size (nm)</b>: 4 x 4 x 4 (x, y, z)<br><br><b>Annotated data dimensions (µm)</b>: 1.6 x 1.6 x 1.6 (x, y, z)<br><br><b>Annotated data offset (nm)</b>: 79214 x 29710 x 97374 (x, y, z)<br><br><b>Classes annotated</b>: mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, mitochondrial ribosome, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lysosome lumen, lysosome membrane, endosome lumen, cytosol, lysosome, endosome, vesicle, mitochondria, endoplasmic reticulum, cell, endoplasmic reticulum membrane collective<br><br><b>Dataset URL</b>: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_ut21-1413-003/jrc_ut21-1413-003.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop199<br><br><b>Source (EM) dataset ID</b>: jrc_ut21-1413-003<br><br><b>Source (EM) voxel size (nm)</b>: 8 x 8 x 8 (x, y, z)<br><br><b>Source (EM) data dimensions (µm)</b>: 130.42 x 91.22 x 121.19 (x, y, z)<br><br><b>Source (EM) DOI</b>: https://doi.org/10.25378/janelia.27075529<br><br><b>Visualization website</b>: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_ut21-1413-003<br><br><b>Publication:</b> <i>CellMap Segmentation Challenge,</i> 2024.<br><br><b>The CellMap Project Team during this time consisted of:</b> David Ackerman, Davis Bennett, Marley Bryant, Hannah Nguyen, Grace Park, Alyson Petruncio, Alannah Post, Jacquelyn Price, Diana Ramirez, Jeff Rhoades, Rebecca Vorimo, Aubrey Weigel, Marwan Zouinkhi, Yurii Zubov.<br><br><b>The CellMap Project Team Steering Committee during this time consisted of:</b> Misha Ahrens, Christopher Beck, Teng-Leong Chew, Daniel Feliciano, Jan Funke, Harald Hess, Wyatt Korff, Jennifer Lippincott-Schwartz, Zhe J. Liu, Kayvon Pedram, Stephan Preibisch, Stephan Saalfeld, Ronald Vale, and Aubrey Weigel.

<b>本数据集属于CellMap 2024图像分割挑战赛（CellMap 2024 Segmentation Challenge）</b>

- <b>挑战赛DOI：</b> https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966

- <b>挑战赛官网：</b> https://cellmapchallenge.janelia.org/

<b>标注说明：</b> 使用Amira 3D 2021.1、经典分割工作间（Classic Segmentation Workroom）以及《面向机器学习的虚拟电子显微镜样本中细胞器手动分割（V.3）》标注规范，对jrc_ut21-1413-003样本中的以下结构进行密集分割：线粒体膜（mitochondrial membrane）、线粒体腔（mitochondrial lumen）、囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、线粒体核糖体（mitochondrial ribosome）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、溶酶体腔（lysosome lumen）、溶酶体膜（lysosome membrane）、内体腔（endosome lumen）、细胞质基质（cytosol）、溶酶体（lysosome）、内体（endosome）、囊泡（vesicle）、线粒体（mitochondria）、内质网（endoplasmic reticulum）、细胞（cell）、内质网膜集合体（endoplasmic reticulum membrane collective）。

<b>标注ID：</b> crop199

<b>主要标注人员：</b> Alyson Petruncio

<b>标注规范：</b> 《面向机器学习的虚拟电子显微镜样本中细胞器手动分割（V.3）》（http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3）

<b>使用软件：</b> Amira 3D 2021.1、经典分割工作间（Classic Segmentation Workroom）

<b>标注体素尺寸（nm）：</b> 4×4×4（x、y、z轴）

<b>标注数据尺寸（µm）：</b> 1.6×1.6×1.6（x、y、z轴）

<b>标注数据偏移量（nm）：</b> 79214×29710×97374（x、y、z轴）

<b>标注类别：</b> 线粒体膜（mitochondrial membrane）、线粒体腔（mitochondrial lumen）、囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、线粒体核糖体（mitochondrial ribosome）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、溶酶体腔（lysosome lumen）、溶酶体膜（lysosome membrane）、内体腔（endosome lumen）、细胞质基质（cytosol）、溶酶体（lysosome）、内体（endosome）、囊泡（vesicle）、线粒体（mitochondria）、内质网（endoplasmic reticulum）、细胞（cell）、内质网膜集合体（endoplasmic reticulum membrane collective）

<b>数据集链接：</b> s3://janelia-cosem-datasets/jrc_ut21-1413-003/jrc_ut21-1413-003.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop199

<b>原始电子显微镜数据集ID：</b> jrc_ut21-1413-003

<b>原始电子显微镜体素尺寸（nm）：</b> 8×8×8（x、y、z轴）

<b>原始电子显微镜数据尺寸（µm）：</b> 130.42×91.22×121.19（x、y、z轴）

<b>原始电子显微镜数据集DOI：</b> https://doi.org/10.25378/janelia.27075529

<b>可视化网站：</b> https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_ut21-1413-003

<b>发表文献：</b> <i>《CellMap分割挑战赛》</i>，2024年。

<b>本阶段CellMap项目团队成员包括：</b> David Ackerman、Davis Bennett、Marley Bryant、Hannah Nguyen、Grace Park、Alyson Petruncio、Alannah Post、Jacquelyn Price、Diana Ramirez、Jeff Rhoades、Rebecca Vorimo、Aubrey Weigel、Marwan Zouinkhi、Yurii Zubov。

<b>本阶段CellMap项目团队指导委员会成员包括：</b> Misha Ahrens、Christopher Beck、Teng-Leong Chew、Daniel Feliciano、Jan Funke、Harald Hess、Wyatt Korff、Jennifer Lippincott-Schwartz、Zhe J. Liu、Kayvon Pedram、Stephan Preibisch、Stephan Saalfeld、Ronald Vale及Aubrey Weigel。